| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,355,340 | A→G | 5.6% | L179L (TTG→CTG) | PP_2951 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,355,340 | 0 | A | G | 5.6% | 208.7 / 2.4 | 71 | L179L (TTG→CTG) | PP_2951 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/37); new base G (2/2); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
AATCGCCGATTCGCGAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAATTCGCTGGTCA > NC_002947/3355198‑3355477 | aaTCGCCGATTCGCGAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCttt > 2:646766/1‑150 (MQ=255) tCGCCGATTCGCGAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGc < 1:895170/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATTCGCGAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGc > 2:40962/1‑150 (MQ=255) cgAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCcgtg > 2:694149/1‑148 (MQ=255) aGTGAAAGGAGGAATTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCa < 2:1380056/150‑1 (MQ=255) gTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGc > 1:1859661/1‑136 (MQ=255) gTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGc < 2:1859661/136‑1 (MQ=255) aggaAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAgc < 1:40962/150‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACGTGTGGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCCAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGcgcg < 1:684077/150‑1 (MQ=255) 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cGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg < 2:230489/150‑1 (MQ=255) cGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg < 1:646766/150‑1 (MQ=255) gTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTgg > 2:1156334/1‑150 (MQ=255) ttGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTggg > 1:882594/1‑150 (MQ=255) tggtgCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTAt < 1:1324451/150‑1 (MQ=255) 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aaTCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCctct > 2:497304/1‑150 (MQ=255) aTCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCta < 1:1187113/150‑1 (MQ=255) tCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATg < 1:847603/139‑1 (MQ=255) tCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATg > 2:847603/1‑139 (MQ=255) ttttGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATaa > 2:1095339/1‑150 (MQ=255) tttGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTa > 2:165302/1‑134 (MQ=255) tttGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTa < 1:165302/134‑1 (MQ=255) aTGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCaaaa > 2:1557669/1‑150 (MQ=255) tGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAg < 2:882594/150‑1 (MQ=255) ttCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAg > 1:1433731/1‑150 (MQ=255) aGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTa < 1:1511828/122‑1 (MQ=255) aGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTa > 2:1511828/1‑122 (MQ=255) gggtgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGTGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTg < 1:694149/150‑1 (MQ=255) gggtgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTg < 1:497304/150‑1 (MQ=255) ggtgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTgg > 1:375823/1‑150 (MQ=255) ggtgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTgg < 2:1433731/150‑1 (MQ=255) tgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGt < 1:1229433/119‑1 (MQ=255) tgggtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGt > 2:1229433/1‑119 (MQ=255) gtATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAg < 1:1156334/150‑1 (MQ=255) tATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGc > 2:8932/1‑150 (MQ=255) tttCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGa < 1:129303/133‑1 (MQ=255) tttCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGa > 2:129303/1‑133 (MQ=255) cTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAATGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTc > 2:507929/1‑150 (MQ=255) cTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTc < 2:375823/150‑1 (MQ=255) tttAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCg > 1:1532263/1‑150 (MQ=255) aaGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAGGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg < 1:1248178/85‑1 (MQ=255) aaGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAGGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg > 2:1248197/1‑85 (MQ=255) aaGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAGGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg < 1:1248197/85‑1 (MQ=255) aaGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAGGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTg > 2:1248178/1‑85 (MQ=255) aGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCTATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAac < 1:1557669/150‑1 (MQ=255) aGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAac > 2:1211724/1‑150 (MQ=255) aGCGCTTGCGCCCTGCACCTCCTTTATCAATACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAac < 2:1380724/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATgg < 1:483042/97‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATgg > 2:483042/1‑97 (MQ=255) gcgcTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTaaaa < 2:1532263/150‑3 (MQ=255) gcgcTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAaca > 2:1223794/1‑150 (MQ=255) cgcccTGCTCGGCCTTGAGTAAGACCTTTGCTATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAAtt < 2:602576/150‑1 (MQ=255) cgcTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAATTCg > 2:1013730/1‑150 (MQ=255) aCGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGt < 1:1248833/122‑1 (MQ=255) aCGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGt > 2:1248833/1‑122 (MQ=255) aCGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAATTCGCTGGTc > 1:1210366/1‑150 (MQ=255) cGTCCTTGCGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAATTCGCTGGTCa < 2:1384811/150‑1 (MQ=255) cGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCt < 1:1323642/108‑1 (MQ=255) cGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCt > 2:1323642/1‑108 (MQ=255) ttGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGgt > 1:1409166/1‑44 (MQ=255) ttGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGgt < 2:1409166/44‑1 (MQ=255) | AATCGCCGATTCGCGAGTGAAAGGAGGAAGTGGCGGACGAGTGTGTTCGTTGGACATGGTGGTGCCTCCAATCTTTTGGATGGTTCAGTTGGGTGGGTATTTCTTTAACTTCAAGCGCTTGCGCGCTGCACGTCCTTGAGCAAGACCTTTGCGATTTCCCGCGCACTGTCGAGCGCGGTGTGATCACCCATGACGTGGGCCACGGTTATGGTGCCCTCTATAATCAAAAGGAGTTGCTTGGCCAAGCCAGTCGGATCGTTAACACCTAATTCGCTGGTCA > NC_002947/3355198‑3355477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |