| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,507,789 | T→G | 11.6% | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,507,789 | 0 | T | G | 11.6% | 168.7 / 17.4 | 69 | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/34); new base G (4/4); total (31/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
ATTTTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCG > NC_002947/3507642‑3507928 | aTTTTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCa < 2:547708/150‑1 (MQ=255) ttttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATg < 2:560021/150‑1 (MQ=255) ttttCGGGCCTGGG‑ACTTACCTTGGTAATTTTTTGGAGGGGAAAGAATAAAAGGTTTCCACAAAACCGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATg < 2:1660639/150‑1 (MQ=255) tttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATgg < 2:557782/150‑1 (MQ=255) ttcaggggCTGGAGACTAATCTGGGTAATTTATTGACGCTGAAGGATTAAATAATTACCAAAGAA‑CGCTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATgg < 2:558310/146‑1 (MQ=255) ggggCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGTAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATGAATGGCggc < 1:197383/150‑2 (MQ=255) ggggCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGt > 2:385241/1‑150 (MQ=255) ggggCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGt > 2:1742051/1‑150 (MQ=255) cTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCg < 2:1560378/150‑1 (MQ=255) gCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCAt < 2:685224/136‑1 (MQ=255) gCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCAt > 1:685224/1‑136 (MQ=255) cccTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGGGCCGCCATTCCTGGCGGTGCCGGCGATCCTGa > 1:889687/1‑150 (MQ=255) cTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATc < 2:1847082/150‑1 (MQ=255) 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2:1511964/1‑148 (MQ=255) aCCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATtgtg < 1:1511964/148‑1 (MQ=255) acaGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCa < 1:1363072/136‑1 (MQ=255) acaGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCa > 2:1363072/1‑136 (MQ=255) aGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCg < 1:1742051/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTGGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGt < 1:1476969/150‑1 (MQ=255) gTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAACTGTGCTTACCGCAGTg > 1:1931881/1‑150 (MQ=255) ttAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACt < 2:76123/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATggag < 1:559684/78‑3 (MQ=255) aaaaaaaTCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCg > 2:559684/1‑78 (MQ=255) tCTGGTGCGGGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGACCACTTTGTAAGtt < 2:889687/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGtt > 2:615280/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAAtt < 2:1047845/117‑1 (MQ=255) ggTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAAtt > 1:1047845/1‑117 (MQ=255) gtgtGGCTGCTGGTCGTGATATTAGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGaga > 1:1868083/1‑148 (MQ=255) gtgGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAAttt < 2:1909958/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGt < 2:331111/133‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGt > 1:331111/1‑133 (MQ=255) gctgctGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCGGCGcca < 2:421458/64‑2 (MQ=21) gctgctGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCGGCGcca > 1:421458/1‑63 (MQ=25) tgctgGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCa > 1:1612525/1‑150 (MQ=255) cGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGttctt < 1:615280/150‑1 (MQ=255) atatTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAat < 1:385241/150‑1 (MQ=255) atTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAatat > 2:986573/1‑150 (MQ=255) atTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAACTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAatat < 2:1931881/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGAGCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTc > 2:1061937/1‑150 (MQ=255) cccTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt > 1:1044722/1‑67 (MQ=255) cccTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt < 2:1044722/67‑1 (MQ=255) tgatgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTg > 1:1028903/1‑150 (MQ=255) tgatgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTg > 2:752418/1‑150 (MQ=255) gatgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGc < 2:39009/150‑1 (MQ=255) atgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATc > 1:322687/1‑57 (MQ=255) atgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATc < 2:322687/57‑1 (MQ=255) cGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGt < 1:920664/134‑1 (MQ=255) cGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGt > 2:920664/1‑134 (MQ=255) gTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAg < 1:727375/83‑1 (MQ=255) gTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAg > 2:727375/1‑83 (MQ=255) 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gccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCgg < 1:911363/125‑1 (MQ=255) gccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCgg > 2:911363/1‑125 (MQ=255) | ATTTTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAA‑CGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCG > NC_002947/3507642‑3507928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |