| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,659,949 | C→G | 7.0% | intergenic (‑41/+34) | PP_3223 ← / ← PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,659,949 | 0 | C | G | 7.0% | 213.5 / 4.0 | 67 | intergenic (‑41/+34) | PP_3223/PP_3224 | ABC transporter substrate‑binding protein/class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/30); new base G (2/3); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATG > NC_002947/3659812‑3660090 | tGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGaa < 2:1281255/150‑1 (MQ=255) ggTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAgg > 2:1775922/1‑150 (MQ=255) tGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCAT‑GGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAg < 1:1146578/150‑1 (MQ=255) gTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGGGTGGGCTTCAAAGGT‑AATGGAGGGGTGCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc > 1:228054/1‑150 (MQ=255) gTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc < 2:28479/150‑1 (MQ=255) ttGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCa < 1:139073/124‑1 (MQ=255) ttGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCa > 2:139073/1‑124 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAgg > 1:1327994/1‑134 (MQ=255) gtgtTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGCGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAgg < 2:1327994/134‑1 (MQ=255) tgtCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGagtca < 2:450921/150‑1 (MQ=255) ccggcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTg < 1:997880/150‑1 (MQ=255) cggcGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCCCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTgg > 1:1846627/1‑150 (MQ=255) cGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAg < 2:1437420/119‑1 (MQ=255) cGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAg > 1:1437420/1‑119 (MQ=255) gCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTc < 2:1397979/94‑1 (MQ=255) gCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTc > 1:1397979/1‑94 (MQ=255) gCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGa > 2:1775220/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GATCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGa > 1:659186/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGAt > 1:838812/1‑150 (MQ=255) ggccagggTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAAc < 2:228054/150‑1 (MQ=255) ggccagggTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAAc < 2:270088/150‑1 (MQ=255) cGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAg > 1:1731521/1‑150 (MQ=255) gATCGCGAGCATTTGGTTTAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATCGG‑GGTCATCTAAGACACCGACGTTGCGGGAACAGGCAAAAGCTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAgc < 1:443249/150‑1 (MQ=255) gATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAgg < 1:25120/123‑1 (MQ=255) gATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAgg > 2:25120/1‑123 (MQ=255) gCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCa < 2:1361995/150‑1 (MQ=255) aGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTg < 1:1218054/103‑1 (MQ=255) aGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTg > 2:1218054/1‑103 (MQ=255) gTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATg > 1:983782/1‑150 (MQ=255) gTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg > 2:1548498/1‑86 (MQ=255) gTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTg < 1:1548498/86‑1 (MQ=255) gTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGt > 2:287133/1‑150 (MQ=255) tGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGtt < 2:983782/150‑1 (MQ=255) gCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTg < 2:1846627/150‑1 (MQ=255) aGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑a < 1:287133/150‑1 (MQ=255) gTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGGAACCTATTTCCAGCGGCCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGGGCATCCCAATGCCGTTgggt > 2:66993/1‑148 (MQ=255) gTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑At < 1:1775220/150‑1 (MQ=255) gCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTc < 2:1731521/150‑1 (MQ=255) tGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTcccc > 2:817768/1‑150 (MQ=255) ggATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCt < 1:817768/150‑1 (MQ=255) gATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTg > 1:1679501/1‑150 (MQ=255) aTTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTgg < 2:1679501/150‑1 (MQ=255) aTCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc < 1:632621/60‑1 (MQ=255) aTCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGc > 2:632621/1‑60 (MQ=255) aTCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCAt > 1:1133714/1‑150 (MQ=255) tCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑AACGGCGCCCCCTGGCCATc < 1:66993/150‑1 (MQ=255) cTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTACTACAGAGCCACGCGGACCAACTTCCGAAGTAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCgg > 1:1006505/1‑150 (MQ=255) cTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCgg > 1:1413458/1‑150 (MQ=255) tgaatgGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGt < 2:353223/69‑1 (MQ=255) tgaatgGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGt > 1:353223/1‑69 (MQ=255) 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g‑gCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGa > 1:1745897/1‑150 (MQ=255) gCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGAc > 2:1134609/1‑150 (MQ=255) atctgccTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGATAA‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGAc < 1:1124851/145‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAg < 2:570634/64‑1 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAg > 1:570634/1‑64 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATAc > 1:56434/1‑114 (MQ=255) tcCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATAc < 2:56434/114‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGGCATGAC‑ACGCCCTGTCCATCGGAAAACCGCTTGGACtagat > 2:1124851/1‑146 (MQ=255) cTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGaaaa < 1:347257/134‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGCGAACTGGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGaaaa > 2:347257/1‑134 (MQ=255) gTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATg < 2:1413458/150‑1 (MQ=255) | TGAGGGTCTTGCTGGTTGAGGTGTTGTCGGCCGGCGAGCAAGCGGTGAGGCCCAGGGCCAGGGTGCCGATCGCGAGCAGTTGGTGCAGTGGGGGCATGGGATTGATCCTTCAATGAATGGG‑GCTCTCCTGTTCCGGCCAGTTCGCCGGAACAGGCAAAAGGTGCCTTGGAGTCAGTCCTGGTAATCGAGGCCCTCGCGATCCAACTGCCGAATCAGCGCATCCCAATGCCGTTGG‑ATACCTTCCCCCTGGCCATCGGAAAACCGCTTGGACTGCTCATG > NC_002947/3659812‑3660090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |