| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,248,947 | C→G | 5.6% | G375A (GGC→GCC) ‡ | PP_3724 ← | acyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,248,947 | 0 | C | G | 5.6% | 399.9 / 11.0 | 124 | G375A (GGC→GCC) ‡ | PP_3724 | acyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/61); new base G (3/4); total (59/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TGGCAGGCAACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAGCTTC > NC_002947/4248798‑4249096 | tGGCAGGCAACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCgcgc > 2:1803049/1‑150 (MQ=255) aggcaACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCcgc < 2:1694886/150‑1 (MQ=255) aGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGcgccg > 2:1307516/1‑150 (MQ=255) aGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTCGCGTTCGCCGGACATCGCCGCCGCGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCATcgcct < 2:1529715/150‑2 (MQ=255) gTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCGGCGCCGCGGGCgcggcgatgc < 1:742481/150‑5 (MQ=255) ttCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGcgcc < 1:225349/147‑1 (MQ=255) ttCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGGAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGcgcc > 2:225349/1‑147 (MQ=255) ccGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCa < 1:748102/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGCTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAggg > 2:1434023/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGgtg < 1:586445/150‑1 (MQ=255) aGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGGGCgcggcgat < 2:1323370/133‑3 (MQ=255) aGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGGGCgcggcgat > 1:1323370/1‑131 (MQ=255) aGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGa < 2:41196/150‑1 (MQ=255) gACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCAt > 1:1210079/1‑150 (MQ=255) gAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCg > 2:513793/1‑150 (MQ=255) aGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGtt < 1:1029289/150‑1 (MQ=255) gCCGATCTTGCCGTGGGGTTCAACGGGATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTg > 1:263409/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCACCCGCTTTGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTg > 2:645999/1‑150 (MQ=255) gCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCTGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCCGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGggcggg < 2:605826/150‑2 (MQ=255) gCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAgg > 1:1621743/1‑145 (MQ=255) gCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAgg < 2:1621743/145‑1 (MQ=255) gCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGggcggc < 1:1451912/150‑1 (MQ=255) ccGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCt > 1:678820/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCt > 1:1618432/1‑150 (MQ=255) cGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGgcgc < 1:1188035/111‑1 (MQ=255) cGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGgcgc > 2:1188035/1‑111 (MQ=255) tGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCa > 1:366641/1‑150 (MQ=255) tGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCa > 1:1895974/1‑150 (MQ=255) gTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGc > 1:949484/1‑150 (MQ=255) gTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGc < 1:1292647/150‑1 (MQ=255) ttCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGcc < 2:1210079/150‑1 (MQ=255) tCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGccc < 2:1049749/150‑1 (MQ=255) cGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGa < 2:231484/150‑1 (MQ=255) cATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATgg < 1:1068176/150‑1 (MQ=255) 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cagcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCAc > 1:1897342/1‑150 (MQ=255) cagcaccagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCAc > 2:1127111/1‑150 (MQ=255) accagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCATGGCGGCTGCATAGCACCAGATGTCAGTGTTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGTCCAGTGCCGCCACCTGc < 2:263409/150‑1 (MQ=255) accagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTggg < 2:665327/99‑1 (MQ=255) accagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTggg > 1:665327/1‑99 (MQ=255) cagcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGccc < 2:324613/150‑1 (MQ=255) gcaTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGc > 2:204204/1‑119 (MQ=255) caTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAg > 1:1931753/1‑51 (MQ=255) caTCGCCCCGCCCGCGGCGCGGCTCAGGGCGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGGTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTg > 2:1445444/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGc < 1:513793/150‑1 (MQ=255) gcgccgcGGGCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTgg < 2:667679/104‑1 (MQ=255) gcgccgcGGGCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTgg > 1:667679/2‑105 (MQ=255) cgccgcGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTc < 2:1831078/150‑1 (MQ=255) cgccgcGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCAGACAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTc < 1:941452/150‑1 (MQ=255) cccGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCTTCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAGCTTc < 1:645999/150‑1 (MQ=255) | TGGCAGGCAACAGTTCCGGGAAAGCCGAGGTGACGAAGCCGATCTTGCCGTGGCGTTCAACGGCATCGCAGTACAGCCCCAGCAGCAGGTCGCATTCCTTGCGTTCGCCGGTAAACGCCGCCGGGTAGTCCAGCACCAGCATCGCCGCGCCCGCGGCGCCGCTCAGGGTGTTGTCGAGCATGCGTTGCAGGGCGGCTTCATCGCCCCAGATGGCAGTGGTGAAGTCCAGTGGGTTGACCAGGTTGGCATAGCCCGGCAACACCTCGGCCAGTGCCGCCACCTGCCCTTGCTCGAGCTTC > NC_002947/4248798‑4249096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |