| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,484,204 | T→G | 7.2% | V164G (GTT→GGT) | PP_3976 → | isochorismatase family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,484,204 | 0 | T | G | 7.2% | 226.9 / 8.9 | 83 | V164G (GTT→GGT) | PP_3976 | isochorismatase family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/38); new base G (2/4); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
ACAGAGGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGGCGCCTACGGCATGGGCGTCGACTACGCCTATACCATGGTGCACAAAGCGCCAGAGC > NC_002947/4484056‑4484353 | aCAGAGGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGtt < 1:238869/150‑1 (MQ=255) cAGAGGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTa < 1:1894574/150‑1 (MQ=255) cAGAGGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTa > 2:1310503/1‑150 (MQ=255) agagGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTAc > 1:269106/1‑150 (MQ=255) agagGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTAc < 1:712132/150‑1 (MQ=255) gagGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCATCGCCTGATCCAGGCGGGCGTGCTGCCAGGTaac < 1:941623/150‑3 (MQ=255) tGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGgcag > 2:191652/1‑150 (MQ=255) gCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGgcagc > 2:238965/1‑150 (MQ=255) cAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGCTGCCAGGTAACTGgcacca < 1:901586/150‑1 (MQ=255) aaCACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGcagcag < 2:1509610/150‑1 (MQ=255) ccaccTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGc > 1:707515/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACt < 2:269106/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGa < 2:707515/150‑1 (MQ=255) cgcTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGt > 2:139705/1‑150 (MQ=255) cgcTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGt > 2:337084/1‑150 (MQ=255) gcTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTg > 1:1769074/1‑150 (MQ=255) tCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAg > 2:1925604/1‑150 (MQ=255) ccATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGcgcg > 1:248356/1‑150 (MQ=255) 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aGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACcg > 1:232389/1‑150 (MQ=255) aGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACcg > 1:1767364/1‑150 (MQ=255) aGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACcg < 2:232389/150‑1 (MQ=255) gCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCAAGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGGGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACcgcg > 1:1711859/1‑150 (MQ=255) aTCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTAc < 1:618029/150‑1 (MQ=255) atatGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATg > 2:1754933/1‑150 (MQ=255) atatGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATg > 2:1242604/1‑150 (MQ=255) atGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTCAGCTATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCt < 1:1573427/150‑1 (MQ=255) tGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTg > 1:183355/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGtt > 1:1804513/1‑84 (MQ=255) gTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGtt < 2:1804513/84‑1 (MQ=255) gACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGAATACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGAGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGAGCGAATCGAAAAAACGCGACACCTACGATGCTGTCATGgcg > 2:1852473/1‑150 (MQ=255) cTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGTAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTgg < 1:1568948/150‑1 (MQ=255) cTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTgg < 1:1925604/150‑1 (MQ=255) ttCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTg < 2:1125744/148‑1 (MQ=255) ttCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTg > 1:1125744/1‑148 (MQ=255) ttCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGt > 1:546353/1‑150 (MQ=255) ttCCGGGGGCACGACAAAAGAGGATCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACCGGCGTGCGAGCCCTACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGt < 2:759542/150‑1 (MQ=255) ccGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCa > 2:1353474/1‑150 (MQ=255) gggggCACGACCAAGGAGGCTAAAGACAACGCGAAGGAGCGCAGTAGGCAGGCGGGGGTGGGGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCaaa < 2:211964/150‑1 (MQ=255) gggCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAaga < 1:1310503/150‑1 (MQ=255) gCAAGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATTATCCAGGCGGGCGTGGGGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGc < 2:459080/150‑1 (MQ=255) aCGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCAt > 1:552381/1‑150 (MQ=255) aCGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTCCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCGACTGGATTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCAt > 1:1691119/1‑150 (MQ=255) gACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTg < 2:15075/76‑1 (MQ=255) gACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTg > 1:15075/1‑76 (MQ=255) gACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGAGTGGTAAAACCGCGGCACATATGATGCTGTCATGGCGCTGGTAAAAGAGCATTc > 2:543985/1‑150 (MQ=255) gACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTc > 1:696480/1‑150 (MQ=255) gACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGCGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCCACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTc < 1:1852473/150‑1 (MQ=255) aaGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGgc < 2:1767364/150‑1 (MQ=255) aaGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGgc < 2:1570660/150‑1 (MQ=255) gCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGGCGCCTAc < 1:371289/150‑1 (MQ=255) tCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCt 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ttACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGGCGCCTACGGCATGGGCGTCGACTACGCCTATACCATGGTGCACAAAGCGCCAGAgc > 1:423775/1‑150 (MQ=255) ttACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGATACGTTTTTGGTCAAAGAGCATTCGGGCGCCTACGGCATGGGCGTCGACTACGCCTATACCATGGTGCACAAAGCGCCAGAgc < 1:337084/150‑1 (MQ=255) | ACAGAGGTCTGCAACACCACCTTCGCGCTGTCCGCCATGCACGATGCAGGCTATGAGATCTATATGGTTGCCGACGCTTCCGGGGGCACGACCAAGGAGGCTCACGACTACGCCATGCAGCGCATGATCCAGGCGGGCGTGGTGCCAGTTACCTGGCAGCAGGTGCTACTGGAGTGGCAGCGCGACTGGAAAAACCGCGACACCTACGATGCTGTCATGGCGCTGGTCAAAGAGCATTCGGGCGCCTACGGCATGGGCGTCGACTACGCCTATACCATGGTGCACAAAGCGCCAGAGC > NC_002947/4484056‑4484353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |