| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,025 | A→G | 7.1% | intergenic (‑75/+28) | PP_mr46 ← / ← lpdG | sucC regulatory region/dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,025 | 0 | A | G | 7.1% | 199.0 / 4.8 | 70 | intergenic (‑75/+28) | PP_mr46/lpdG | sucC regulatory region/dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/32); new base G (2/3); total (35/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
CATGCTTTTTACCGTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGC > NC_002947/4729879‑4730169 | cATGCTTTTTACCGTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACgg > 2:742508/1‑150 (MQ=255) tGCTTTTTACCGTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGc > 1:705851/1‑150 (MQ=255) tttttACCGTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGc > 2:1922061/1‑150 (MQ=255) gTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACCCACGGCGGGCTGCCCGTCGTg > 2:684731/1‑150 (MQ=255) tCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACCCACGGCGGGCTGCCCGTCGTga < 1:684731/150‑2 (MQ=255) tCTTCGTTAGGTAATGCGCTACGGTACTGCTCCAGGAGGGGCTCCGCACCACCTGCACCCCGGCAATCACTATTTGCTTTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCAAGCAAGACTCACGGCGGGCTGCCCGTCGTga < 1:1007066/150‑2 (MQ=255) ttCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGtt > 1:1001790/1‑150 (MQ=255) gTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGAGGGGCAGCCCGCCGTGGTGTCt > 1:1933441/1‑150 (MQ=255) tAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTta < 1:742508/150‑1 (MQ=255) tAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTta < 1:295044/150‑1 (MQ=255) gTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATaa > 2:1378497/1‑150 (MQ=255) gTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATaa < 1:1378497/150‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAAc > 2:1861554/1‑150 (MQ=255) gcgcTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAAc > 2:637301/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGt < 1:150397/132‑1 (MQ=255) ttCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGt > 2:150397/1‑132 (MQ=255) ttCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGctt > 2:1127006/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGctt < 1:907322/150‑1 (MQ=255) gcCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTgg < 2:513316/150‑1 (MQ=255) ccATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGc > 1:1546621/1‑150 (MQ=255) tCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCAc < 2:1902813/150‑1 (MQ=255) aGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCCCGACTTGCAGCCCACCTTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGt < 1:1694187/150‑1 (MQ=255) aGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGt < 2:1001790/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAAt < 1:1922061/150‑1 (MQ=255) 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tgATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCtt < 1:1861554/150‑1 (MQ=255) ccggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTc > 2:526232/1‑135 (MQ=255) ccggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTc < 1:526232/135‑1 (MQ=255) cggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCAAGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCg < 2:1638819/147‑1 (MQ=255) cggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCAAGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCg > 1:1638819/1‑147 (MQ=255) gtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCa > 2:794334/1‑133 (MQ=255) gtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCa < 1:794334/133‑1 (MQ=255) cggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCAc > 2:586023/1‑114 (MQ=255) cggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCAc < 1:586023/114‑1 (MQ=255) ggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGtt > 1:1359971/1‑150 (MQ=255) gcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTg > 1:936707/1‑150 (MQ=255) cTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATgg < 1:637301/150‑1 (MQ=255) tttCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATgg > 1:1521644/1‑149 (MQ=255) tttCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATgg < 2:1521644/149‑1 (MQ=255) tttCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGc > 1:959978/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCt < 1:386340/150‑1 (MQ=255) gcgGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAg > 2:1290975/1‑150 (MQ=255) gcgGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAg < 2:1209355/150‑1 (MQ=255) gcgGTGAGTAATGCCCGCAAGACTGACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATTGCTGAAg > 2:664584/1‑150 (MQ=255) gTGAGTCTTGCGTGCATGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGgc > 2:173164/1‑86 (MQ=38) gTGAGTCTTGCGTGCATGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGgc < 1:173164/86‑1 (MQ=38) tGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACca < 1:1127006/150‑1 (MQ=255) gAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACcat > 2:31000/1‑150 (MQ=255) 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tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGc > 2:1886648/1‑150 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGc > 2:1196398/1‑150 (MQ=255) | CATGCTTTTTACCGTCTTCGTTAGGTACTGCGCTTCGGCGCTGCGCCATCAGTGGCGCCGCACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGC > NC_002947/4729879‑4730169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |