Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 296,372 | T→G | 7.5% | E19A (GAG→GCG) ‡ | PP_0242 ← | TetR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 296,372 | 0 | T | G | 7.5% | 305.4 / 12.9 | 105 | E19A (GAG→GCG) ‡ | PP_0242 | TetR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/47); new base G (4/4); total (54/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGA > NC_002947/296223‑296521 | cAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCt > 2:746784/1‑150 (MQ=255) gCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGCAAGTGCTGCCGCCCTGTAGTTGGCTAGCAGCTCACGCGCAGCCGCCTGGATCGCCTCGATcctg > 2:1389870/1‑150 (MQ=255) ccTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctg > 2:687402/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctg < 1:687402/149‑1 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggc > 2:1648863/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggc < 1:1389870/150‑1 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGAGCGCCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggc > 2:652313/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggcc > 2:1398509/1‑150 (MQ=255) cAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACCCCGACGAAAGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggcctg > 2:559515/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATcctggatcag < 1:559515/150‑6 (MQ=255) aGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGgctgc > 1:1862045/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGgctgc < 1:1648863/150‑1 (MQ=255) cGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGgc > 2:1149961/1‑150 (MQ=255) 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tagatagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGt < 2:1564103/150‑1 (MQ=255) gatagaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAg > 2:1344583/1‑150 (MQ=255) agaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGgcg > 2:1306907/1‑150 (MQ=255) gaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTgg > 1:922007/1‑86 (MQ=255) gaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTgg < 2:922007/86‑1 (MQ=255) gaAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGgcgc < 1:537416/150‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGggtggtg > 1:739451/1‑101 (MQ=255) aaaGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGggtggtg < 2:739451/101‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGcc > 2:161560/1‑150 (MQ=255) aaaGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGcc > 1:1866243/1‑150 (MQ=255) gcCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACa > 1:1814740/1‑150 (MQ=255) ccACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCgg < 2:1265308/85‑1 (MQ=255) ccACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCgg > 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< 2:789286/115‑1 (MQ=255) aCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTgg > 1:789286/1‑115 (MQ=255) aCAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCACATAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTc < 1:646414/150‑1 (MQ=255) tCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAAc < 2:861384/125‑1 (MQ=255) tCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAAc > 1:861384/1‑125 (MQ=255) tCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGtttt > 2:1932440/1‑150 (MQ=255) tCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGtttt > 2:432588/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGTTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGaa < 1:1496801/131‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGTTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGaa > 2:1496801/1‑131 (MQ=255) aCGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGc > 1:765951/1‑150 (MQ=255) aGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCAGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGc > 1:1586666/1‑150 (MQ=255) aggccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtca > 2:515673/3‑69 (MQ=25) aggccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTtca < 1:515673/67‑1 (MQ=25) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGCTTGCCAGGATGCTGGGGTGGCACGCTGGCACGAACAGGTGGAGGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 1:1306907/150‑1 (MQ=255) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGACCAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 2:1304611/150‑1 (MQ=255) cgccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCCGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCg < 2:782194/150‑1 (MQ=255) gccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTg < 1:1180319/97‑1 (MQ=255) gccAGGATCGAGGCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTg > 2:1180319/1‑97 (MQ=255) ccAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGATGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGa > 1:1647165/1‑150 (MQ=255) gATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc < 1:69349/150‑1 (MQ=255) tCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc > 1:783849/1‑148 (MQ=255) tCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGc < 2:783849/148‑1 (MQ=255) gCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCa < 2:1916292/75‑1 (MQ=255) gCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCa > 1:1916292/1‑75 (MQ=255) tCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGgcga < 2:765951/150‑1 (MQ=255) | CAGTAAGTGCCTCCAGCAAGGCCGGCACGCTGGCGAAAAAGTGATACACCGACGAAGGCGGAATCTGCGCCCGCTCGGCCACGCTGTAGATAGAAAGTGCTGCCACCCCTTGTTCGGCCAACAGCTCACGCGCAGCCGCCAGGATCGCCTCGATCCTGGCCTGGCTGCTGGCGCGTGGTTTGCGCGGGGTGGTGGTGCGGTTCATCAACTGCTGATTGCCAGGATGCTGGCCTGGTAGGCGCCGACGAACAGGTCGAAGTCACCGACTTCGTTTTGCTCCAGCTCGGACTGCCTGGCGA > NC_002947/296223‑296521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |