| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,039,701 | A→C | 5.8% | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 ← | group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,039,701 | 0 | A | C | 5.8% | 247.3 / 6.3 | 86 | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 | group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/36); new base C (2/3); total (47/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
ATTACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGTCT > NC_002947/5039553‑5039848 | aTTACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGAt < 2:1684055/150‑1 (MQ=255)aTTACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGAt > 1:1896544/1‑150 (MQ=255) ttACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCATCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATg < 1:1826638/150‑1 (MQ=255) 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gccgAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAAACCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATc > 1:131318/1‑150 (MQ=255) gaaAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCATCTGGGTTCaag < 1:1723580/103‑3 (MQ=255) gaaAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCATCTGGGTTCaag > 2:1723580/1‑101 (MQ=255) gaaAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATcgcacgca > 2:1414365/1‑150 (MQ=255) aaaCCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATgg > 1:711885/1‑94 (MQ=255) aaaCCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATgg < 2:711885/94‑1 (MQ=255) 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ATTACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCGTGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAACGTCT > NC_002947/5039553‑5039848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |