| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,135,036 | T→A | 6.6% | intergenic (‑49/+16) | PP_4520 ← / ← PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,135,036 | 0 | T | A | 6.6% | 184.6 / 4.7 | 61 | intergenic (‑49/+16) | PP_4520/PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/26); new base A (2/2); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
GCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGT > NC_002947/5134891‑5135185 | gcagGATCACAAGTGGTTGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCgg < 2:542075/150‑1 (MQ=255) cacGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTGGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGa > 1:1614378/1‑150 (MQ=255) gggCTGTTGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACGGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCg < 2:600059/149‑1 (MQ=255) ggCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCgg > 2:1011653/1‑150 (MQ=255) cTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGtt > 1:1657410/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGa < 2:1720481/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGa > 1:252932/1‑150 (MQ=255) gcgGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTc < 2:252932/150‑1 (MQ=255) gcgGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGcccc < 2:267109/126‑1 (MQ=255) gcgGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGcccc > 1:267109/1‑126 (MQ=255) aTCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTg < 2:139695/112‑1 (MQ=255) aTCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTg > 1:139695/1‑112 (MQ=255) gTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGCCCGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTa > 1:820155/1‑150 (MQ=255) tGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTAt > 1:1333437/1‑150 (MQ=255) gCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCa > 1:1437267/1‑150 (MQ=255) aTAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAgg < 1:1509831/150‑1 (MQ=255) aTAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAgg > 2:60649/1‑150 (MQ=255) gCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGTGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAc > 2:1420647/1‑125 (MQ=255) gCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGTGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAc < 1:1420647/125‑1 (MQ=255) aaTGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTcc > 2:441380/1‑150 (MQ=255) tCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCAt < 1:741489/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAgg < 1:1253576/148‑1 (MQ=255) tGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAgg > 2:1253576/1‑148 (MQ=255) tGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTc > 2:1905509/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGAAACCATTTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCt > 1:51190/1‑150 (MQ=255) cAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTg < 1:296325/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGAt > 1:213229/1‑150 (MQ=255) gCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCAt < 2:857766/127‑1 (MQ=255) gCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCAt > 1:857766/1‑127 (MQ=255) cGGGGGCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCTGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCcgc > 2:1685387/1‑150 (MQ=255) tCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCtt < 2:1614378/150‑1 (MQ=255) gggCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGcc > 2:202834/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTgg < 1:1619055/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTgg > 2:1619055/1‑149 (MQ=255) tcCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAg > 1:467177/1‑90 (MQ=255) tcCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAg < 2:467177/90‑1 (MQ=255) ccTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGTGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCa > 2:905247/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAcc < 1:1364647/68‑1 (MQ=255) ttGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAcc > 2:1364647/1‑68 (MQ=255) ttGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTGCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCAct > 1:1210660/1‑150 (MQ=255) gggcgggACTGGTTGCCACGTTATCCGTGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCActct < 2:13250/146‑1 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATg < 1:1557969/81‑1 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATg > 2:1557969/1‑81 (MQ=255) gCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTg < 1:1905509/150‑1 (MQ=255) ggggACAGATTGCCACATAACGGGGGGCCGCTTTGCGGGCCCCGCCATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCACGTACTCCGCCATGCGCTCGATGTCCTGGCTGAGTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGt < 2:169756/150‑1 (MQ=255) gTTTGCCACATCACCGGGTCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGTCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAg > 2:573597/1‑150 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCt < 1:688752/100‑1 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCt > 2:688752/1‑100 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg < 2:213229/150‑1 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg < 1:1437790/150‑1 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCTCTATGCGCTCGCGGTACTGGCTGAGTTCCGGGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCaa > 1:435812/1‑150 (MQ=255) atcgcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAg > 2:1724990/5‑86 (MQ=37) atcgcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAg < 1:1724990/82‑1 (MQ=37) aaCCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtc > 2:199169/1‑150 (MQ=255) aCCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCACGGCCCTTTTTGCGCACAGCTGGGCAATtct > 2:932322/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTg < 2:1213905/111‑1 (MQ=255) ccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTg > 1:1213905/1‑111 (MQ=255) ccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAtt < 2:1608299/140‑1 (MQ=255) ccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAtt > 1:1608299/1‑140 (MQ=255) ccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCAAGGCATCCCAGGGACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATct < 2:51190/150‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCCGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgct < 1:441380/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGt < 1:181917/150‑1 (MQ=255) | GCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGT > NC_002947/5134891‑5135185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |