| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,172,360 | G→A | 7.0% | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,360 | 0 | G | A | 7.0% | 164.2 / 2.9 | 57 | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/27); new base A (2/2); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
ATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGC > NC_002947/5172216‑5172508 | aTAGATGTGGTACAGCGTAAACGGGGTGCTGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCATCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGgt < 2:831133/150‑1 (MQ=38) aTGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGgtgtgg < 1:1377320/150‑3 (MQ=255) aTGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTAc < 1:114695/150‑1 (MQ=255) 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gggTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAccgc < 1:1002482/123‑1 (MQ=255) gggTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTAccgc > 2:1002482/1‑123 (MQ=255) aGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGACGAATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGc > 2:1927775/1‑150 (MQ=255) ggATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCg < 1:1265117/150‑1 (MQ=255) ttCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGtt < 1:64169/150‑1 (MQ=255) aGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCtt < 1:1343430/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGtt < 2:29574/131‑1 (MQ=255) ccTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGtt > 1:29574/1‑131 (MQ=255) ccTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg < 2:308020/150‑1 (MQ=255) ttCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGt > 2:63421/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCAc < 1:63421/150‑1 (MQ=255) gTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGAATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTgca > 1:1524644/1‑104 (MQ=255) 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aGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGCGGTACCACCGgtgtgg < 1:764622/95‑3 (MQ=37) aGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGCGGTACCACCGgtgtgg < 1:764678/95‑3 (MQ=37) cccATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGNTGGCCACCAGGTNGGGTGGNGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGGGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTg > 1:1902971/1‑150 (MQ=255) aGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGAGGTGTGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAgc < 1:908823/150‑1 (MQ=255) gtgccgtgCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAgcg > 2:963295/8‑150 (MQ=255) aCGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGTCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAg > 2:695/1‑150 (MQ=255) 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gcaTGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGc < 1:109305/142‑1 (MQ=255) aTGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGTCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGaaa < 1:695/150‑1 (MQ=255) tGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg > 1:385021/1‑107 (MQ=255) tGTTGGCCACCAGGTTGCGGGGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCg < 2:385021/107‑1 (MQ=255) gCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAg < 1:276204/150‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGtt > 2:1857855/1‑150 (MQ=255) 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1:938876/107‑1 (MQ=255) cacaCCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAAc > 2:938876/1‑107 (MQ=255) cacaCCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAc > 2:663765/1‑150 (MQ=255) cacaCCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAc < 2:617459/150‑1 (MQ=255) acacCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACg > 2:1663765/1‑150 (MQ=255) acCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTa > 1:894264/1‑150 (MQ=255) cGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCAtcttc < 2:1750998/140‑1 (MQ=255) cGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCAtcttc > 1:1750998/1‑140 (MQ=255) ggtACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGAt < 1:1645987/150‑1 (MQ=255) aCCGCCCGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCAc < 1:826320/150‑1 (MQ=255) cgccgGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCa > 2:924823/1‑123 (MQ=255) cgccgGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGc > 1:913214/1‑150 (MQ=255) cgccgGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGc > 1:390822/1‑150 (MQ=255) cgccgGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCAGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCa < 1:924823/123‑1 (MQ=255) | ATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTGGTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGC > NC_002947/5172216‑5172508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |