Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,344,532 | C→G | 7.7% | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,532 | 0 | C | G | 7.7% | 399.6 / 18.3 | 130 | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/60); new base G (5/5); total (65/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCC > NC_002947/5344384‑5344681 | gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 1:270287/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAg > 2:937897/1‑150 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 1:1792384/150‑1 (MQ=255) cGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAggcgggt > 1:1601266/1‑145 (MQ=25) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGGGTTACCTCGTAGTAGCTGGTTTa < 2:1529510/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc > 2:1143868/1‑146 (MQ=21) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 1:1143868/146‑1 (MQ=21) gcgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAGCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACAcgcc > 1:521924/1‑150 (MQ=255) 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ttCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGaa < 2:1607069/150‑1 (MQ=255) cACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCTGCACCTCGTAGAAGCGGGATTACCCCCGAAGAGACCGGCCCAGGTTGAacac > 2:1101417/1‑150 (MQ=39) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTACACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAacaac > 1:167176/1‑148 (MQ=255) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAggcgggt < 2:670648/116‑6 (MQ=17) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAggcgggt > 1:670648/1‑111 (MQ=17) aCCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCTTGGCGGCTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCCCAGGTTGAACAcc > 1:1068770/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGaa < 2:1090841/144‑1 (MQ=255) ccAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGaa > 1:1090841/1‑144 (MQ=255) gCCTGATCAACCACTTCTGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCAAGCTAGTGCCGGTCGCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCCCCTAGGAGCGGGGTTACCCGCGACGACGCCGGCCCAGGGAGAGCACCGCTtc‑cg > 2:272255/1‑149 (MQ=255) cccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑Ca < 1:586899/149‑1 (MQ=255) ccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:987406/119‑1 (MQ=255) ccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa > 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atactTCCGCGGCCGTCACCGTGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGAAACCCG‑‑CCTACCCGGCAACGCGTTACGTCGTAGGAGGGGGGTGACACGCGAAGAGGCCGGGCGAGGTTGAAAACAGCGCC‑CCGCGACACTGt > 2:181403/2‑150 (MQ=255) tactTCGGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTc > 2:485204/1‑150 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACGCTGTc < 2:1581733/150‑1 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCtt > 1:126497/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGTGGTTGATCCGAGCTTGTGTCGGCCTCCTCGCGGGCAAACCCG‑‑TCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATc < 1:181403/150‑1 (MQ=39) 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gcgGGTAAACCCA‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:1301076/1‑150 (MQ=255) ggTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 2:795685/1‑134 (MQ=255) ggTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCACCCCGGTTCAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAACCGTTGCAGTCCATAGCCCCTAACAAGAGCAGGACCAcccac > 1:198362/1‑148 (MQ=255) gTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGaa > 2:496504/1‑74 (MQ=255) gTAAACCCG‑‑CCTAACAGGCAACGACTTCCTTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc < 1:492280/150‑1 (MQ=39) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGtt > 2:203706/1‑67 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGtt < 1:203706/67‑1 (MQ=255) 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gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:1620990/1‑146 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 2:1620990/146‑1 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc < 1:1101417/150‑1 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:1535532/136‑1 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 1:1396977/1‑150 (MQ=255) gTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc > 2:134987/1‑150 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 2:429420/1‑107 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc > 2:410119/1‑108 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc < 1:410119/108‑1 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 1:1166719/1‑150 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc < 1:1471451/150‑1 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGACGCCCGCCCAGTTTGAACACCGCTCCTCCGGT‑CACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc < 1:992598/150‑1 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGccc < 1:938477/150‑1 (MQ=255) | CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCC‑CAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCC > NC_002947/5344384‑5344681 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |