| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,503,197 | T→G | 5.1% | P33P (CCT→CCG) | oprC → | copper receptor OprC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,503,197 | 0 | T | G | 5.1% | 231.8 / 3.7 | 78 | P33P (CCT→CCG) | oprC | copper receptor OprC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/34); new base G (2/2); total (42/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
GAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGAAG > NC_002947/5503050‑5503344 | gAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTgg > 2:665205/1‑150 (MQ=255) gCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGACCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCa < 2:127028/150‑1 (MQ=255) aggaggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATgg < 2:305583/150‑2 (MQ=255) ggaggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCACGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGaa < 1:1566908/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAt > 2:497779/1‑150 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgtg > 2:1468870/1‑150 (MQ=255) aaCTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGTTCCATGCGTTGCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCacga < 2:1627346/150‑1 (MQ=255) aaCTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCacga < 1:665205/150‑1 (MQ=255) 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tCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAcc > 1:481858/1‑150 (MQ=255) ccGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAccg < 1:1530894/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCCCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTACGTGGGACCAGCGCCGCCATGTGCGGCTCGGTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAccgcc < 2:1424243/150‑1 (MQ=255) aCCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGcc > 2:668824/1‑150 (MQ=255) ccccTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGCCCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGACATGTATGAGCGCGACGAAACCAAGTTGACCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGccc < 1:732294/150‑1 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCAc > 1:940499/1‑113 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCAc < 2:940499/113‑1 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGGCGGTGATCAccgtcgggctcaa > 1:1138427/1‑143 (MQ=255) cTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGa < 1:261597/150‑1 (MQ=255) cTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCACCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGa > 1:66016/1‑150 (MQ=255) tGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGGCGCCGGCCCTGGCCATGaa > 1:94271/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGaa < 2:94271/91‑1 (MQ=255) ccTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTcgccgc < 1:1242462/150‑1 (MQ=255) cTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCt > 1:80179/1‑150 (MQ=255) tCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACt < 1:497779/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCTGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACtgt > 2:1570342/1‑150 (MQ=255) cTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACtgtg > 1:1203199/1‑150 (MQ=255) tGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGc < 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gACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACtgtg > 1:803589/1‑142 (MQ=255) gACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACtgtg < 2:803589/142‑1 (MQ=255) gACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCaa > 1:591519/1‑150 (MQ=255) aCCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAAc > 2:721034/1‑150 (MQ=255) ccATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAAcc < 1:721034/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAAccc < 1:1238343/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAAccc < 2:42931/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAAccc < 2:237825/150‑1 (MQ=255) gccgccCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGaaa > 1:128654/1‑150 (MQ=255) cTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCcg > 2:357580/1‑150 (MQ=255) gCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCgccagc < 2:128654/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCgccagcca > 1:242943/1‑150 (MQ=255) ctgctCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGa > 1:1756886/1‑130 (MQ=255) ctgctCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGa < 2:1756886/130‑1 (MQ=255) ctCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCg < 2:80179/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGCTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCgg < 1:646379/150‑1 (MQ=255) cgcCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCa < 2:481858/150‑1 (MQ=255) gcCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCAGGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGcatccagg > 2:1089007/1‑143 (MQ=255) ttcATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGaaa < 1:903577/121‑1 (MQ=38) ttcATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGaaa > 2:903577/3‑123 (MQ=38) cccATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGc > 1:125458/1‑150 (MQ=255) cATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGa > 1:868054/1‑150 (MQ=255) cccTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGgcg > 1:1927451/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGgcgc > 2:1628731/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGcc > 1:256077/1‑150 (MQ=255) tGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCg > 2:1207751/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCGGCCAGGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGa > 1:162615/1‑150 (MQ=255) gccgccGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGAc < 1:79112/150‑1 (MQ=255) cgGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCt < 2:591519/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACgcgcgc < 2:563367/114‑1 (MQ=255) ggCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACgcgcgc > 1:563367/1‑114 (MQ=255) cccTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCTCTGACTGTGGTCACCCACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGaa < 1:1165633/150‑1 (MQ=255) cccTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGaa < 1:668824/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGTTGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAAAGCCGGTGCAGCCATTTCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGAAg > 1:1399011/1‑150 (MQ=255) | GAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTCCCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGCCGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGAAG > NC_002947/5503050‑5503344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |