| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,596,666 | C→T | 6.4% | A39V (GCA→GTA) | PP_4923 → | outer membrane efflux protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,596,666 | 0 | C | T | 6.4% | 183.6 / 2.4 | 63 | A39V (GCA→GTA) | PP_4923 | outer membrane efflux protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/28); new base T (2/2); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
TTCAGTAATTAAATTTCGTACAAGGATTGCCTCTATGCTGCGCAAACTCTCACTGGCGATAGCCGTGTCTTGTGCGTCCAACGGAGTGGTCTGGGCAGCGGACGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCACCAAGCTGGACGAGCCATCC > NC_002947/5596517‑5596814 | ttCAGTAATTAAATTTCGTACAAGGATTGCCTCTATGCTGCGCAAACTCTCACTGGCGATAGCCGTGTCTTGTGCGTCCAACGGAGTGGTCTGGGCAGCGGACGTGCCCTCGACAGTCACCACACGTCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGc > 1:1458080/1‑150 (MQ=255)ttCAGTAATTAAATTTCGTACAAGGATTGCCTCTATGCTGCGCAAACTCTCACTGGCGATAGCCGTGTCTTGTGCGTCCAACGGAGTGGTCTGGGCAGCGGACGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGc < 1:423972/150‑1 (MQ=255) tAATTAAATTTCGTACAAGGATTGCCTCTATGCTGCGCAAACTCTCACTGGCGATAGCCGTGTCTTGTGCCTCCAACGCCGTTGTCCGTGCAGCGGACGTGCACTGGTCAGTCAATTCTTATCTGGTCATCGTCTACCAGGAAGCAGTgg < 2:1191195/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCGGACGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCt > 1:1735822/1‑150 (MQ=255) cGGACGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGt < 2:1467470/150‑1 (MQ=255) aCGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCt < 1:66664/74‑1 (MQ=255) aCGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACATGGCt > 2:66664/1‑74 (MQ=255) ttGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTccaaa < 1:375570/149‑5 (MQ=255) gCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGGAGGTGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCgg > 2:375570/1‑150 (MQ=255) cccTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGt < 1:1916916/150‑1 (MQ=255) ccTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTg > 2:1175772/1‑150 (MQ=255) cTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGc > 1:1712228/1‑150 (MQ=255) tCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGcc < 1:1270470/150‑1 (MQ=255) cAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGTAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTc < 2:415273/136‑1 (MQ=255) cAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGTAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTc > 1:415273/1‑136 (MQ=255) cAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGTAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTc > 1:415251/1‑136 (MQ=255) cAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCgaga < 2:948054/150‑1 (MQ=255) cAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCgaga < 2:1733554/150‑1 (MQ=255) cAGGCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGTAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTc < 2:415251/136‑1 (MQ=255) tCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAgatga < 1:709660/150‑1 (MQ=255) gcAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAgatga > 1:1724350/2‑150 (MQ=255) cAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAgatgat < 2:945077/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGCGatgatg > 1:775399/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGatgatg > 1:167198/1‑150 (MQ=255) aaaCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGTGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGAtgatga > 1:1723262/1‑150 (MQ=255) aaaCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGccc > 1:230100/1‑105 (MQ=255) aaaCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGccc < 2:230100/105‑1 (MQ=255) aCCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAac > 2:169219/1‑150 (MQ=255) aTCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACAccc > 1:1852571/1‑150 (MQ=255) aTCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACAccc > 1:1068295/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCa < 1:850394/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCAc < 2:1852571/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGACTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCAcc > 2:242753/1‑150 (MQ=255) aGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAgtggt < 1:1524718/80‑1 (MQ=255) aGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAgtggt > 2:1524718/1‑80 (MQ=255) aGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAgtg < 1:1829778/78‑1 (MQ=255) aGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAgtg > 2:1829778/1‑78 (MQ=255) tCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCACCAAGCTgg < 2:1712228/150‑1 (MQ=255) 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TTCAGTAATTAAATTTCGTACAAGGATTGCCTCTATGCTGCGCAAACTCTCACTGGCGATAGCCGTGTCTTGTGCGTCCAACGGAGTGGTCTGGGCAGCGGACGTGCCCTCGACAGTCAAAACCGATCTGGTCAGCGTCTACCAGGAAGCAGTGGACAACAACGCCGACCTGGCTGCAGCCCGCGCCGATTACGGGGCGCGCCGCGAAGTGGTGCCGCAGGCCCGCGCCGGGTTGCTGCCAAACCTGTCGGCCGGTGCCGAGATGATGAACACCCGCACCAAGCTGGACGAGCCATCC > NC_002947/5596517‑5596814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |