Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,740,527 | 0 | A | T | 39.8% | 66.2 / 116.0 | 124 | intergenic (+36/+35) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.40e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-03 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTT‑GCAGCCCTTCGCGTGCAAGCCCGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTC > NC_002947/5740378‑5740676 | cAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTT‑GCAGCCCTTCGCGTGCaa < 2:5030784/150‑1 (MQ=255) tGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTT‑GCAGCCCTTCGCGTGCAAGccc < 1:5197718/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCACTGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTT‑GCAACCCTTCGCGGGCTTGCACGCGaa < 2:3376423/150‑1 (MQ=39) 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cccTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTGATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCa > 2:1044843/1‑150 (MQ=39) ccTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGcc < 2:4538960/118‑1 (MQ=38) ccTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGcc > 1:4538960/1‑118 (MQ=38) ccTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAg > 1:1338621/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGTGCAAGCCCGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAgg > 1:4664593/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGTGCAAGCCCGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAgg > 1:3948905/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAgg > 1:4369458/1‑150 (MQ=255) cTTCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGCTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAgg > 2:4968881/1‑150 (MQ=39) ttCGCGTGCACGCCCGCTAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGc < 2:1870826/150‑1 (MQ=255) ttCGCGTGCAAGCCCGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGc > 1:1085000/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCACGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGc > 1:2260696/1‑150 (MQ=255) 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CAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTT‑GCAGCCCTTCGCGTGCAAGCCCGCGAAGGGTTG‑C‑AACGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTC > NC_002947/5740378‑5740676 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |