Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,544,531 | 0 | C | A | 43.5% | 105.8 / 256.0 | 201 | intergenic (+48/+66) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/66); new base A (53/34); total (100/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGG > NC_002947/1544382‑1544678 | gcATTTTGCCGGGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:5073213/150‑1 (MQ=255) gcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:2902026/150‑1 (MQ=255) gaaTTTTGCCGTGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGGGCTGTGGCCGCTGTGTTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:191173/148‑1 (MQ=39) cATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAgg < 2:580452/150‑1 (MQ=255) tttgGCCCTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGgc < 2:4067135/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCAAAAAAGGgccgcgccg > 2:4401542/1‑150 (MQ=255) ggcgggGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCt < 1:2729268/150‑1 (MQ=255) ggcggcGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCGCGGCGC‑GGGGGGAACCCCGCCGACACCGGggcgcgccgcg > 1:2425579/1‑149 (MQ=255) ggcggcGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggccct < 2:631364/150‑6 (MQ=38) gcggcgGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCtt < 2:4910142/150‑1 (MQ=255) gcggcgGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGGAAAACCCCTCCTACCAACGgccgcgccccgt > 2:2536436/1‑146 (MQ=255) ggggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 2:3711552/148‑1 (MQ=37) ggggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 1:5296538/148‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:3510768/149‑1 (MQ=255) ggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 1:4244351/150‑1 (MQ=37) gggggTGGGGGGGGCGTGGGCGCTGGGGCCGCGGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 1:2226087/150‑1 (MQ=25) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg < 2:1226628/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg < 1:3476153/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGAGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATAGGTATTGCCGGGGCCGGCCTATTAGC‑GGGTTATAACGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg > 2:2144291/1‑150 (MQ=255) ggggggggggggggTTGGGGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 1:3129659/150‑1 (MQ=18) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 2:5062216/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 1:3704762/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 2:231210/150‑1 (MQ=37) ggTGGGGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAg < 1:5269035/150‑1 (MQ=21) ggggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 1:4829667/148‑1 (MQ=25) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 2:3308775/150‑1 (MQ=37) ggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 1:1623932/147‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 1:4762173/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCgg < 1:1397393/150‑1 (MQ=21) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCGTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 2:4758029/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 2:5218353/150‑1 (MQ=255) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCggg < 2:3374526/148‑1 (MQ=25) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCggg < 2:1079331/150‑1 (MQ=255) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCggg < 2:1766639/150‑1 (MQ=37) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGGAAACCCGCGCCGACACAGGGCCCCGCCCCGGTGTAGGAGCggg > 2:3011425/1‑150 (MQ=255) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCACTTCGC‑GGGTAAAACCCCTACGACACACGGCCCCCCCCCGTTGGACGAGCggg > 2:3589351/1‑150 (MQ=255) gCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCggg < 2:3472396/150‑1 (MQ=25) cGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGt < 2:3509146/150‑1 (MQ=255) ggCGTGGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:992939/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:103818/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCGCTTCGC‑CGGGAAACCCCCGCCCACACACGGCCCCGCCCCCTGGGAGGCGCGGGGGTAccccc > 2:4277595/1‑148 (MQ=255) tgggCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:2777844/148‑1 (MQ=255) gtGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:3306601/149‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:4690644/150‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt > 1:5324442/1‑129 (MQ=25) gcTGTGGCCGCTGTGTTTTGTGGTGGGTGGGGGGCGTGGGGATGGGGCTTTAGCTCTATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGAAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGTTTTACCCGCGAaga < 2:2496692/150‑1 (MQ=255) gcTGTGCCCGGTGGGTTTGGTGGTGTGTGGGCGGCCGGGTGCTGGGGCTGTAGCTGGATACGGGTTATTGGCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCGGCACGTCCACTGGGCCGCGCCGCTTTTTGGGAGCGGGTTAACCCGCGAaga < 2:1955442/150‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCAAATCGC‑GGGTAAAAACCCACCAACAAAAGGCCCCGCCCCGTTGTAGGAGCGGGTTTAACCCCGAAGAGGcc > 2:1158062/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGACCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCACATCGC‑GGGTAAAACCCCACCAACAAAGGGCCCCCCCCCGTTTTATGAGCGGGTTTAACCCCGAAGAGGCCac > 2:2598265/1‑149 (MQ=255) cTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCGCGTCGCGGGGTAAACCC‑CGCCAACCAACGGCCGCCCCCCGGTGTTGGTGGGGGTTTTCCCCCGGAGGGGGCCGcacc > 1:1227330/1‑149 (MQ=255) ggggTTTGGGGGGGGGGGGGGGCGTGGGGATGGGGCTGTAGCTCGATAAGCGGTATTGCGGGGGCGGGCCTCTGCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAgg < 2:4616679/148‑1 (MQ=25) tttGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAggg > 1:3389445/1‑97 (MQ=255) ggggggggggggggCGGGGGGCTGGGGGTGTCGCTGGATACGCGGTTTGGCGGGGGCGGGCCTCTGCGC‑GGGTAAACCGGCTCCTACAGCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGCGGGTGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACaa < 2:1518094/146‑1 (MQ=16) gggcGTGGGGATGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCGGGCCTCTTCGG‑GGTTAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGTTTTGTAGGAGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGc < 1:3566988/149‑1 (MQ=38) ggggACGGGGCTGGAGCCGGATAACCGGTCTGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCTACACCGGGCGCCGCCGCTTTGTCGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCa < 2:601778/150‑1 (MQ=25) cTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTAGC‑GGGTTAAACCCCGCCGAAACACGGCCGCCCCGCGGTTTTGGGGCGGGTTTAGCCGCGACGAGGCCACCACCGGCCCAACCAAGCGTAAGGGCCGCGCCGCCACCCAGGGgtggg > 2:3238537/1‑147 (MQ=255) tCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCTCCTACAAAGGGCCGCGCCCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCCCGAAGAGGCCACCACAGGCCATACAAAGCCTCAGGGCCGCACAGCCACCCAGTGggcggc > 2:4808151/1‑148 (MQ=21) cGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTCCAAAAAAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAGAGGCCAGCACACGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCCCCCAGTGGTCGTcc > 2:2202483/1‑150 (MQ=38) tGCCGGGGCCGGCATCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTcc < 2:72701/150‑1 (MQ=255) ctgtgctggccTCTTCGC‑AGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTccccc > 2:4733594/8‑150 (MQ=18) gccggccTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTCCACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCcccgccc < 2:1980945/150‑1 (MQ=255) cggccTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCCATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCgg > 2:3441063/1‑150 (MQ=255) ggccTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACCGGCCATACAAAGCTTAAGGGCCGCGCCGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGc > 2:861723/1‑150 (MQ=37) ccTCTCCGC‑GGGTCCCCCCGCTCCTCCACAGGGCCGCGCCGCTTGGTCGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCtt < 1:429652/150‑1 (MQ=38) ctTCGG‑GGGTAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGTTTTTTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCt < 1:1199871/150‑1 (MQ=39) tggggggTAACCCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGa < 1:4303292/146‑1 (MQ=39) cgc‑gGTTAACCCCGCACCTACCCCGGGCCGCGCGGCTTTGTCGGCGGGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGAt < 1:5071630/150‑1 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 2:3024645/1‑150 (MQ=25) gggTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGAt < 1:2549134/147‑1 (MQ=255) gaaaccccGCCCCAACACCGGGCCGCGCCGCTTGGTCGGCGGGGGTTCCCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCAc < 1:270897/145‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGc > 1:4034485/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 2:4304039/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:736608/1‑150 (MQ=37) cccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:4090432/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTc < 2:3247087/134‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTc > 1:3247087/1‑134 (MQ=255) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:779137/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:3842193/1‑150 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTcc < 1:1044691/135‑1 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:4887404/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:662748/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:5009246/1‑150 (MQ=37) gCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGc > 1:2291164/1‑150 (MQ=255) ctctTACAATGGGCCGCGCTGCTTTTTTGGAGGGGTTTTACCCGCTAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCg < 1:4401542/150‑1 (MQ=255) tCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:1779693/1‑150 (MQ=255) tCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:2332961/1‑150 (MQ=255) tCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:2728152/1‑150 (MQ=255) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 2:3968804/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:3916875/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:4211510/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:623749/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3004478/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:4876918/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3601919/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:492699/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:5135560/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat > 2:1329546/1‑148 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTCCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:364100/1‑150 (MQ=37) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCCCTGCAGGGCgagcagg > 2:3267169/1‑150 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 1:4547610/1‑150 (MQ=255) | CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGG > NC_002947/1544382‑1544678 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |