| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 1,544,536 | 0 | C | G | 38.9% | 172.2 / 242.8 | 193 | intergenic (+53/+61) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/63); new base G (45/30); total (100/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.40e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGC > NC_002947/1544387‑1544684 | ggggggggggggggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCt < 1:2729246/144‑1 (MQ=39) ggcggcGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCGCGGCGCGGGGGGAACCCCGCCGACACCGGggcgcgccgcg > 1:2425579/1‑149 (MQ=255) ggcggcGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggccct < 2:631364/150‑6 (MQ=38) 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tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCAc > 1:3249267/1‑140 (MQ=37) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:4229273/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:5299234/1‑150 (MQ=255) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:3916875/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3349239/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:623749/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3518169/1‑150 (MQ=25) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:662843/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4394220/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:492699/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3623658/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4685738/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat > 2:1329546/1‑148 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat < 1:1329546/148‑1 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGACTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1662186/1‑150 (MQ=37) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCCCTGCAGGGCgagcagg > 2:3267169/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 2:3197464/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc < 2:3664693/150‑1 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc < 1:3011425/150‑1 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc > 1:1146811/1‑150 (MQ=255) gccgcgccgcTGAGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGACCCCCGCACGGCTTCCTGATGCAACTGCAGGGCgatcaggataatc > 2:2258990/1‑146 (MQ=38) | TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGC > NC_002947/1544387‑1544684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |