Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,544,546 | 0 | T | G | 42.4% | 97.6 / 255.3 | 205 | intergenic (+63/+51) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/64); new base G (58/29); total (112/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.65e-03 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCCC > NC_002947/1544397‑1544695 | ggggggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCtt < 2:232308/145‑1 (MQ=255) gcggcgGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCtt < 2:4910142/150‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:121065/146‑1 (MQ=255) ggggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 2:3711552/148‑1 (MQ=37) ggggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 1:5296538/148‑1 (MQ=37) gggggggggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:5071347/149‑1 (MQ=25) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:3510768/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:2176953/149‑1 (MQ=37) gggggTGGGGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 1:4244367/150‑1 (MQ=37) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg < 2:1226628/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAg < 1:3476153/150‑1 (MQ=255) ggggggggggggggTTGGGGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 1:3129659/150‑1 (MQ=18) ggTGGGGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAg < 1:5269035/150‑1 (MQ=21) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 2:3308775/150‑1 (MQ=37) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCCGTATTGCCTGTGCTGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 2:3229769/150‑1 (MQ=21) ggggggggCGTTGGCACTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 1:1840064/147‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCgg < 1:4762173/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCgg < 2:4674114/150‑1 (MQ=37) 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ggCGTGGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:992939/150‑1 (MQ=255) cGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 2:5154904/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:103818/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCGCTTCGCCGGGAAACCCCCGCCCACACACGGCCCCGCCCCCTGGGAGGCGCGGGGGTAccccc > 2:4277595/1‑148 (MQ=255) tgggCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:2777844/148‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 2:5324442/129‑1 (MQ=25) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt > 1:5324442/1‑129 (MQ=25) tgGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCAAATCGCGGGTAAAAACCCACCAACAAAAGGCCCCGCCCCGTTGTAGGAGCGGGTTTAACCCCGAAGAGGcc > 2:1158062/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGACCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCACATCGCGGGTAAAACCCCACCAACAAAGGGCCCCCCCCCGTTTTATGAGCGGGTTTAACCCCGAAGAGGCCac > 2:2598265/1‑149 (MQ=255) cGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCCCTGTGTGGGTGCGGGTTTAACCGCGACGAGGCCAGcc > 2:4292952/1‑149 (MQ=37) 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tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTCCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:364100/1‑150 (MQ=37) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 2:3267176/1‑150 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 1:4547610/1‑150 (MQ=255) aaagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:3103485/8‑150 (MQ=38) agcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:695192/6‑150 (MQ=25) 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gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc < 1:3011425/150‑1 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc > 1:1146811/1‑150 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc < 1:4304039/150‑1 (MQ=255) gccgcgccgcTGAGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGACCCCCGCACGGCTTCCTGATGCAACTGCAGGGCgatcaggataatc > 2:2258990/1‑146 (MQ=38) gcgccgcTTTGTCGGCGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa < 1:2512306/150‑1 (MQ=255) 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ttGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCAcccc > 2:4703836/1‑150 (MQ=255) | GCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGG‑CCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCCC > NC_002947/1544397‑1544695 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |