| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 337784 = | 35 (0.700) | 9 (0.230) | 11/210 | 2.7 | 33.6% | intergenic (‑31/+98) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 337868 = | 8 (0.200) | intergenic (‑115/+14) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease | |||||
AGGCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGA > NC_002947/337636‑337931 | tcgcccgcacctacctgccggtggaaatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCt < 1:108492‑M1/2‑1 (MQ=255) cAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTcgc < 1:220423/150‑1 (MQ=255) ctacctgccggtggaaatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCAc > 2:981876‑M1/139‑150 (MQ=255) acctgccggtggaaatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGc > 2:108492‑M1/137‑150 (MQ=255) ctgccggtggaaatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgcaccaaggctagttgtgcgttgatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGccc < 1:945093‑M1/16‑1 (MQ=255) ggCGCGGCTTCCACCGCTGCTGGCGCTCGACCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcacac < 1:176587/150‑2 (MQ=255) aaatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:765695‑M1/26‑1 (MQ=255) aatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 1:282081‑M1/27‑1 (MQ=255) aatcttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 1:765695‑M1/124‑150 (MQ=255) cttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCt < 2:517911‑M1/19‑1 (MQ=255) cttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCt > 1:517911‑M1/121‑139 (MQ=255) cgGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGtgt < 2:316345/150‑3 (MQ=255) gTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:101244/139‑1 (MQ=255) gTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc > 1:101244/1‑139 (MQ=255) tCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAgcgc > 2:872760/1‑150 (MQ=255) gctgctGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACAtt < 1:730010/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 1:960411/1‑133 (MQ=255) tgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:960411/133‑1 (MQ=255) ttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTg < 2:278512‑M1/49‑1 (MQ=255) tGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTg < 2:444806/150‑1 (MQ=255) tacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGgcg < 2:1172748‑M1/52‑1 (MQ=255) acctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCt > 2:478718‑M1/98‑116 (MQ=255) acctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCt < 1:478718‑M1/19‑1 (MQ=255) atctgatctcgttcatgctgttgcaatgcttcaagctgctggagcgctgcttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgcgacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTac > 2:403414‑M1/95‑150 (MQ=255) gatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCt > 1:975054‑M1/91‑150 (MQ=255) gAACTGGGCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCt < 1:477503/150‑1 (MQ=255) atctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGcgctacaagat < 1:403414‑M1/61‑5 (MQ=255) tctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACTCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 1:104985‑M1/89‑150 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTcg < 1:286583/93‑1 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTcg > 2:286583/1‑93 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:961054/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTc < 1:1015411/91‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTc > 2:1015411/1‑91 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTgg < 2:299146/150‑1 (MQ=21) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 1:447244/1‑148 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:447244/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTATGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCgg < 1:980539/150‑1 (MQ=21) gggCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCggg < 1:872760/150‑1 (MQ=255) tGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:509519/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTTGAGGTGGTTGGGGATGGCAAGGATGTGTGTTGATTTTTGGGCACTCTTCGCGGGCGCGCCGGCGCCCACAGGTATAGCGCC‑AAATTCAAAGTTGTCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgct < 2:841311/150‑2 (MQ=25) ggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGcc < 1:720959‑M1/15‑1 (MQ=255) ggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGcc > 2:720959‑M1/69‑83 (MQ=255) cgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgtg < 1:1174480‑M1/63‑1 (MQ=255) tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGc < 1:1075004/121‑1 (MQ=255) tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGc > 2:1075004/1‑121 (MQ=255) gttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 2:1078115‑M1/46‑68 (MQ=255) gttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 1:1078115‑M1/23‑1 (MQ=255) gtggtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAg < 1:1214920/144‑1 (MQ=255) gtggtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAg > 2:1214920/1‑144 (MQ=255) gtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 2:378004‑M1/39‑100 (MQ=255) gtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 1:378004‑M1/62‑1 (MQ=255) gtgtgGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGa > 2:1111080/1‑103 (MQ=255) gtgtgGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGa < 1:1111080/103‑1 (MQ=255) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAg > 2:630126/1‑57 (MQ=255) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAg < 1:630126/57‑1 (MQ=255) aGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcagcag > 2:195786/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGa < 1:195786/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTgg > 2:59677/1‑65 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:59677/65‑1 (MQ=255) | AGGCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGA > NC_002947/337636‑337931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |