| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,338,358 | Δ1 bp | 9.3% | coding (1068/2037 nt) | PP_1163 → | FAD‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,338,358 | 0 | T | . | 9.3% | 126.1 / 6.4 | 43 | coding (1068/2037 nt) | PP_1163 | FAD‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/21); new base . (2/2); total (20/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTCTGATGACTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTCGCGGTATCT > NC_002947/1338209‑1338507 | aGTCTGATGACTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCgt < 1:240562/150‑1 (MQ=255) gTCTGATGACTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCgtg > 1:969417/1‑150 (MQ=255) tCTGATGACTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCgtgt > 1:621295/1‑150 (MQ=255) tCTAATGACTGATACCTGGTCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCgtgt > 2:1244807/1‑150 (MQ=255) gatgaCTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTGGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGc < 1:1082396/150‑1 (MQ=255) gatgaCTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGc > 2:1225548/1‑150 (MQ=255) gaggccgaTGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCAt < 2:969417/150‑1 (MQ=255) ggccgaTGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCt < 1:444597/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAg > 2:1021613/1‑150 (MQ=255) gcCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAgcgc < 1:364398/150‑1 (MQ=255) gcCAATGGCGGGCCCGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAgcgc < 2:409947/150‑1 (MQ=255) aTGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGAt < 2:1099681/150‑1 (MQ=255) gctggcCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCg > 2:360929/1‑150 (MQ=255) 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2:331448/1‑104 (MQ=255) gcgACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAgcg < 1:331448/104‑1 (MQ=255) aCATGCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTgc < 1:959985/150‑1 (MQ=255) cTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAg > 2:455188/1‑150 (MQ=255) cTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCGTGCGCCTccg > 2:589888/1‑148 (MQ=255) cTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGc > 1:1272011/1‑117 (MQ=255) cTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGc < 2:1272011/117‑1 (MQ=255) tATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTgc < 2:1234840/136‑1 (MQ=255) tATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTgc > 1:1234840/1‑136 (MQ=255) cGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGAt > 2:718633/1‑70 (MQ=255) cGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGAt < 1:718633/70‑1 (MQ=255) cGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCa < 1:168205/150‑1 (MQ=255) gAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAg > 1:918893/1‑150 (MQ=255) 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accGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGAACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGacc > 2:1258608/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCgg < 2:918893/150‑1 (MQ=255) gccTGCCG‑GTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCaaa > 2:260312/3‑131 (MQ=255) gccTGCCG‑GTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCaaa < 1:260312/129‑1 (MQ=255) gCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTcgc < 1:1234072/150‑1 (MQ=255) ccGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTCGCGGTa < 2:520971/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTCGCGGTATc > 2:434733/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTCGCGGTATCt > 1:1026585/1‑150 (MQ=255) | AGTCTGATGACTGGTACCTGGGCCGAGGCCGATGCGCGCCTGGAGCAGCGGCAACAACAGCGCCAATGGCTGGCCTGGCGGGTGCTGCGGGTGGAGCAGGAAAGCCGCGACATCCGCTCGTTCTATCTCGAACCACCGGCAGGCTGCCGTGTGGCCTTTGCCCCTGGCCAGCATCTGCCTGTGCAAGTGCCGCGTGATGGCGAGTCAGCGCTGATCCGCACCTACAGCCTTTCAAGTGCCCCCGACGATGGATTCTTGCGCATCAGCGTCAAAGCCCAGGGCCCGGCTTCGCGGTATCT > NC_002947/1338209‑1338507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |