| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,698,797 | Δ1 bp | 6.6% | coding (503/1014 nt) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,797 | 0 | A | . | 6.6% | 233.4 / 10.4 | 76 | coding (503/1014 nt) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/46); new base . (3/2); total (28/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
TGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCC > NC_002947/1698650‑1698944 | tgctgcGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAg < 1:957346/150‑1 (MQ=255) gctgcGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGt > 2:1181818/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGtg < 2:533286/150‑1 (MQ=255) tgcGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGtgc < 1:206298/150‑1 (MQ=255) gcAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGtgctgc < 1:1113057/150‑1 (MQ=255) tCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGTCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAgg < 1:274705/150‑1 (MQ=255) tCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAgg < 2:215107/150‑1 (MQ=255) tCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAgg < 1:190044/150‑1 (MQ=255) tCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAgg < 1:1286603/150‑1 (MQ=255) cTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGt > 2:345323/1‑150 (MQ=255) cTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGt > 2:389082/1‑150 (MQ=255) tggctggTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCg < 1:159539/150‑1 (MQ=255) ctggTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGTGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGttt < 2:820586/150‑1 (MQ=255) tggTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTc > 2:429407/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCggcggc > 2:1011594/1‑150 (MQ=255) agcagcGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCa > 1:1239504/1‑150 (MQ=255) cagcGTGCACCTGCCGCAAGGTTGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATc < 2:192056/150‑1 (MQ=255) cGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTg < 1:1101950/150‑1 (MQ=255) gTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGc < 2:116512/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGCCTTGTTGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTg < 1:978847/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGt > 2:1147720/1‑150 (MQ=255) ccTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTc > 1:893852/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCGCCGATGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGGAGAAG‑TCGAAGGGCTGCGCAAGGGTTTGTCGGCAGCGGTTCAGGCGGCGATATGGCTGGTcg > 2:542013/1‑149 (MQ=255) tGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCa < 1:429407/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAt < 2:869545/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTCGGTGGCTGCACAGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAt > 2:86506/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCAGCAGCACTTCG‑AGtgctgccgg > 1:856987/1‑96 (MQ=255) ggTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCAGCAGCACTTCG‑AGtgctgccgg < 2:856987/99‑4 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTg < 2:54300/132‑1 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTg > 1:54300/1‑132 (MQ=255) ggCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgt < 2:1147468/150‑1 (MQ=255) tGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGtt > 1:192868/1‑150 (MQ=255) tGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGtt > 1:993775/1‑150 (MQ=255) tGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAgcacga < 1:1147720/150‑6 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCCGCGt < 2:342967/104‑1 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGt > 1:342967/1‑104 (MQ=255) ccGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGcc < 2:668646/150‑1 (MQ=255) tGCGCGAGGCGTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAg < 1:1019626/150‑1 (MQ=255) gcgAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCa < 1:1011594/150‑1 (MQ=255) gAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATg < 1:441755/150‑1 (MQ=255) aGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATgg > 1:1142158/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGc < 1:185922/150‑1 (MQ=255) cgatctccAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGTTAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGTTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGc < 1:1042768/144‑1 (MQ=255) gCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGcc < 2:192868/150‑1 (MQ=255) ttCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg > 2:428593/1‑119 (MQ=255) ttCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg < 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ggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAgg < 1:345323/150‑1 (MQ=255) ggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAgg < 2:1142158/150‑1 (MQ=255) gCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGc > 1:924459/1‑150 (MQ=255) gCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGc < 1:1181818/150‑1 (MQ=255) tCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGc > 1:170261/1‑150 (MQ=255) 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cGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAg < 2:999552/150‑1 (MQ=255) ggCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAgg > 1:930817/1‑150 (MQ=255) ggCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGGTGCCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAgg < 1:324935/150‑1 (MQ=255) cGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAAccgcc < 2:930817/150‑1 (MQ=255) | TGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAGCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCC > NC_002947/1698650‑1698944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |