| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2429960 | 24 (0.490) | 6 (0.170) | 6/184 | NT | 22.8% | intergenic (+47/+66) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase |
| ? | NC_002947 | = 2429975 | 23 (0.640) | intergenic (+62/+51) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase | |||||
AAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATACGACAGCACGTTCTG > NC_002947/2429828‑2430121 | aaGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCtt < 1:145742‑M2/150‑3 (MQ=255)aaGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCtt > 2:145742‑M2/1‑148 (MQ=255) gCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgg > 2:1166793‑M2/1‑138 (MQ=255) gTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg < 2:73853‑M2/148‑14 (MQ=255) gTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg > 1:73853‑M2/1‑135 (MQ=255) ttCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGAGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAACCCCctgtaggcgcgggttc < 2:413949‑M2/150‑17 (MQ=255) tCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttca > 2:20887‑M2/1‑133 (MQ=255) cAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgc < 1:1221592‑M2/150‑23 (MQ=255) gAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcga < 1:697309‑M2/150‑25 (MQ=255) tGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagagg > 2:697309‑M2/1‑121 (MQ=255) ggCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggc > 1:1114596‑M2/1‑120 (MQ=255) ggCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggc > 2:1221592‑M2/1‑120 (MQ=255) ggtgtggaTGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGGGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcc > 2:560342‑M2/3‑119 (MQ=255) ggggtggatGGCAGGGGGAGGCGGGAGGGGGGGATGGAAGTAGAAATCGTGGAATAGGTGTGTTGCCGGTGCCGGCCTCTGCGCGGGGGAACCCGCTGCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcc > 2:560347‑M2/4‑119 (MQ=255) tgGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTa < 1:696023/150‑1 (MQ=255) ggATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCGTCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGTAc > 1:90909/1‑150 (MQ=255) tggCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg > 1:993652‑M2/1‑101 (MQ=255) tggCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg < 2:993652‑M2/114‑14 (MQ=255) gCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaa < 2:262153‑M2/124‑26 (MQ=255) gCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaa > 1:262153‑M2/1‑99 (MQ=255) ggAGGTGGGGATCGAAGGAGAAATCCGGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCCGCCACCTCGAGGGTTGACCCGCTCCTACGACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATcac < 1:413949/150‑1 (MQ=38) aGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTTTGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACAACGACAACTAAAACCCGTGTAGGAGCGCGTTCAGCCGCGTAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGt < 1:404641/150‑1 (MQ=255) aaTCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACACTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAAc > 2:898221/1‑120 (MQ=255) aaTCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACACTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAAc < 1:898221/120‑1 (MQ=255) gtgtgtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGc > 1:1141344/1‑140 (MQ=255) gtgtgtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGc < 2:1141344/140‑1 (MQ=255) gtgtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAAt < 1:246219/150‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGaaa > 2:221646/1‑119 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGaaa < 1:221646/119‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgt < 1:206282‑M2/52‑5 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgt > 2:206282‑M2/1‑48 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacag < 2:986698‑M2/150‑104 (MQ=255) agctctTCGCCGTTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAACCCCTTGTAGGAGCGGGTACATCCTCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTc < 1:17765/148‑1 (MQ=255) tctTCGCGGATGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATa > 2:904775/1‑110 (MQ=255) tctTCGCGGATGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATa < 1:904775/110‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaaga < 2:529171‑M2/67‑28 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaaga > 1:529171‑M2/1‑40 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGATCGCTCACAACCTTGTACGCGAGGGCCAACCCGAGAAGAGGCCGGTACAGGCGGAACAGCAATCACCTGTCATCGCAATACCGTTCGTGCCAACCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCaagat > 2:17765/1‑146 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGa > 2:1221070/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacag < 2:243800‑M2/150‑123 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCt < 1:1044981/137‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCt > 2:1044981/1‑137 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATc < 2:90909/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctcca > 2:392851‑M2/1‑26 (MQ=255) cGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctcca < 1:392851‑M2/108‑83 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattc < 2:383202‑M2/78‑54 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattc > 1:383202‑M2/1‑25 (MQ=255) tACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAAt > 1:557692/1‑150 (MQ=255) cAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATcc < 2:351883/102‑1 (MQ=255) cAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATcc > 1:351883/1‑102 (MQ=255) aaCGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCGACCAATGGCGGCGGTTGAGTCGGGTTCTGCCGGTAGCTACCCGAATCCg > 2:530811/1‑150 (MQ=37) aaCGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGaa < 1:1154558/119‑1 (MQ=255) aaCGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGaa > 2:1154558/1‑119 (MQ=255) aaCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACACGCAGTTTGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATACGACAGCACGTTCt > 1:235431/1‑150 (MQ=255) aCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATACGACAGCACGTTCTg > 1:1236410/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCAcc < 1:231414/127‑1 (MQ=255) cTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGCTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCAcc > 2:231414/1‑127 (MQ=255) | AAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATACGACAGCACGTTCTG > NC_002947/2429828‑2430121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |