Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 558,260 | C→A | 7.3% | T129T (ACC→ACA) | rplF → | 50S ribosomal protein L6 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 558,260 | 0 | C | A | 7.3% | 172.8 / 2.1 | 55 | T129T (ACC→ACA) | rplF | 50S ribosomal protein L6 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/23); new base A (2/2); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-01 |
CAAGGCTTCGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAGGG > NC_002947/558114‑558409 | cAAGGCTTCGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGAc > 1:500225/1‑150 (MQ=255) aaGGCTTCGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACa > 1:257048/1‑150 (MQ=255) aGGCTTCGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACAGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACAt < 1:544833/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGAt < 1:705496/150‑1 (MQ=255) gcgcAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCaa < 1:113550/150‑1 (MQ=255) gcAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAgg < 1:876178/150‑1 (MQ=255) gcAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAgg < 1:828099/150‑1 (MQ=255) ctctAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATc < 2:253756/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAagc < 1:313685/150‑1 (MQ=255) gTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTc > 2:152494/1‑150 (MQ=255) caGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCt > 2:57734/1‑150 (MQ=255) aGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTg < 2:1282446/150‑1 (MQ=255) gCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATc > 1:1073685/1‑117 (MQ=255) gCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATc < 2:1073685/117‑1 (MQ=255) ggCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCcgc > 2:490553/1‑150 (MQ=255) aCCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGAc > 2:951183/1‑150 (MQ=255) ccTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTg < 2:1203421/115‑1 (MQ=255) ccTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTg > 1:1203421/1‑115 (MQ=255) ccTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGcc > 2:39373/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACaa > 1:731655/1‑96 (MQ=255) ccTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACaa < 2:731655/96‑1 (MQ=255) ggCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTAc < 1:57734/150‑1 (MQ=255) ggCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTAc < 1:152494/150‑1 (MQ=255) ggCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACAGACATCCTGATCAAGGGTATAGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGaaa > 1:1052813/1‑121 (MQ=255) ggCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACAGACATCCTGATCAAGGGTATAGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGaaa < 2:1052813/121‑1 (MQ=255) gCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACa < 1:490553/150‑1 (MQ=255) cTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaa > 2:326035/1‑150 (MQ=255) ttCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaaa < 1:326035/150‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAg > 2:173528/1‑71 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAg < 1:173528/71‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaa < 2:981665/142‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaa < 2:981771/142‑1 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaa > 1:981665/1‑142 (MQ=255) aCCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaa > 1:981771/1‑142 (MQ=255) cccAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACAGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaaaggtaaagg > 1:216451/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAgg > 1:1092814/1‑70 (MQ=255) ccAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAgg < 2:1092814/70‑1 (MQ=255) ccAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACAGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACaaaggtaaaggt < 2:216451/150‑1 (MQ=255) aCTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGtgtg > 1:598476/1‑146 (MQ=255) aCTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGtgtg < 2:598476/146‑1 (MQ=255) aaCTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAAGAGCACAGGTCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCATTAAAAAGGTAGAGGTGTGCGTTACGCgg > 1:720267/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGAc > 2:335250/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGAc > 1:332420/1‑150 (MQ=255) cAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCTACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAag < 2:500225/150‑1 (MQ=255) ccGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAagtag > 2:1208788/1‑150 (MQ=255) tCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGAGTTACGCGGACGAAGTAGTCcgtc < 1:39373/150‑1 (MQ=255) cACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCcgtcg > 1:901613/1‑150 (MQ=255) aCCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAag > 2:1236447/1‑139 (MQ=255) aCCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAag < 1:1236447/139‑1 (MQ=255) aCCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCcgtcgt > 1:523462/1‑150 (MQ=255) ccGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTa > 2:153106/1‑150 (MQ=255) acacCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGcc > 2:1230595/1‑150 (MQ=255) gCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCaagaaga > 1:61802/1‑150 (MQ=255) aGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGt > 1:1014931/1‑150 (MQ=255) aCCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAg > 2:686857/1‑150 (MQ=255) ccGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAgg < 1:335250/150‑1 (MQ=255) ccGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAgg < 2:61802/150‑1 (MQ=255) cGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAggg > 1:555935/1‑150 (MQ=255) | CAAGGCTTCGAGCGCAAGCTCCAGCTGGTCGGTGTTGGTTACAAGGCACAGGCTAAAGGCACCGTCCTGAACCTGGCCCTGGGCTTCTCTCACCCAGTGGACTACGAACTGCCAGCCGGTATCACCGCTGAAACACCTAGCCAGACCGACATCCTGATCAAGGGTATCGACAAGCAGCTGGTAGGTCAGGTGGCCGCTGAAATCCGCGACTTCCGTCCGCCAGAGCCTTACAAAGGTAAAGGTGTGCGTTACGCGGACGAAGTAGTCCGTCGTAAAGAAGCCAAGAAGAAGTAGGG > NC_002947/558114‑558409 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |