Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 77,500 | A→T | 7.9% | L15H (CTC→CAC) | rsmB ← | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 77,500 | 0 | A | T | 7.9% | 173.3 / 5.1 | 60 | L15H (CTC→CAC) | rsmB | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/28); new base T (3/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
GCTTTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAG > NC_002947/77351‑77647 | gCTTTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGa < 1:1064901/150‑1 (MQ=255) tttGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTTCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGca > 2:78686/1‑150 (MQ=255) agcagcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCg < 2:574228/150‑1 (MQ=255) 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2:1236434/145‑1 (MQ=255) gCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCg > 2:751672/1‑150 (MQ=255) ggcggcCAGAGTGAAGTAACGAACGCCACGTCCGTGGTCAGTCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTCTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTggg < 2:336460/150‑1 (MQ=255) gCTGCCAGCGTGCTGTACCGAACGCTAGGTCCTGGGTCAGGCCTCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGt < 1:266220/150‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCAt > 2:485963/1‑150 (MQ=255) gCGTGCGGTCCCGTCTGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGTGAGCTGGTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTgg < 1:264024/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCcggc > 2:541235/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTGCTCAGCGGcaa < 1:341487/98‑3 (MQ=255) cAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTGCTCAGCGGcaa > 2:341487/1‑96 (MQ=255) cAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGAACCTGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCcggcg < 1:78686/150‑1 (MQ=255) gTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGgcggcg > 2:1151132/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAAc > 1:463863/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAAc > 2:1190388/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAAc < 1:541235/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTGCTCAGCGGcaa < 1:644122/91‑3 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTGCTCAGCGGcaa > 2:644122/1‑89 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc < 1:951233/126‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc > 2:951233/1‑126 (MQ=255) ggTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc < 1:617690/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtct < 2:843335/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCCTCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGGCGGCGGCGAACTtctc > 1:229071/1‑150 (MQ=255) tCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCCGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt < 1:48342/142‑1 (MQ=255) tCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt > 2:48342/1‑142 (MQ=255) 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tCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGc > 1:1148052/1‑150 (MQ=255) cAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACCGGTCACTGAAGCTc > 1:263323/1‑150 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt > 1:377343/1‑142 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt < 2:377343/142‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCaa < 1:1067328/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCaa > 1:225316/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAAt < 1:1151132/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTgc < 2:580900/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCa < 2:307681/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGtt < 1:526855/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCa > 1:103923/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCa > 1:189712/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCa > 1:1058489/1‑150 (MQ=255) tggCCGCTGTGCTCAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCa > 1:845221/3‑150 (MQ=255) cGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGt > 1:255148/1‑133 (MQ=255) cGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGt < 2:255148/133‑1 (MQ=255) gCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTc > 1:617085/1‑150 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc < 2:547884/77‑1 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc > 1:547884/1‑77 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCa < 2:1223808/150‑1 (MQ=255) tGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAg > 1:659272/1‑150 (MQ=255) | GCTTTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAG > NC_002947/77351‑77647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |