| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 77,503 | A→T | 9.9% | V14E (GTG→GAG) | rsmB ← | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 77,503 | 0 | A | T | 9.9% | 176.7 / 7.4 | 60 | V14E (GTG→GAG) | rsmB | ribosomal RNA small subunit methyltransferase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/29); new base T (4/2); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAGGGCTT > NC_002947/77354‑77652 | tttGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTTCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGca > 2:78686/1‑150 (MQ=255) agcagcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCg < 2:574228/150‑1 (MQ=255) cagcTGTGCGGCCAGCAGGTCGCGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGc < 2:298335/150‑1 (MQ=255) agcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCTCATCGGcc > 1:54317/1‑150 (MQ=255) agcTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGcc > 1:1223808/1‑150 (MQ=255) gacgggTGGCTGGCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAg < 2:1236434/145‑1 (MQ=255) gCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCg > 2:751672/1‑150 (MQ=255) ggcggcCAGAGTGAAGTAACGAACGCCACGTCCGTGGTCAGTCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTCTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTggg < 2:336460/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGTGCTCAGCGGcaa < 1:644122/91‑3 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc < 1:951233/126‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc > 2:951233/1‑126 (MQ=255) ggTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc < 1:617690/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtct < 2:843335/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCCTCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGGCGGCGGCGAACTtctc > 1:229071/1‑150 (MQ=255) tCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCCGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt < 1:48342/142‑1 (MQ=255) tCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt > 2:48342/1‑142 (MQ=255) ccTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt > 2:474314/1‑138 (MQ=255) ccTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGtt < 1:474314/138‑1 (MQ=255) ccTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGt > 2:318316/1‑137 (MQ=255) ccTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGt < 1:318316/137‑1 (MQ=255) cTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc > 2:33808/1‑97 (MQ=255) cTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCAATGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGc < 1:33808/97‑1 (MQ=255) tCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGc > 1:1148052/1‑150 (MQ=255) cAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACCGGTCACTGAAGCTc > 1:263323/1‑150 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt > 1:377343/1‑142 (MQ=255) aGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACt < 2:377343/142‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCaa < 1:1067328/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCaa > 1:225316/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAAt < 1:1151132/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTgc < 2:580900/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCa < 2:307681/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGtt < 1:526855/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCa > 1:189712/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCa > 1:103923/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCa > 1:1058489/1‑150 (MQ=255) tggCCGCTGTGCTCAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCa > 1:845221/3‑150 (MQ=255) cGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGt > 1:255148/1‑133 (MQ=255) cGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGt < 2:255148/133‑1 (MQ=255) gCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTc > 1:617085/1‑150 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc < 2:547884/77‑1 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTtc > 1:547884/1‑77 (MQ=255) cTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCa < 2:1223808/150‑1 (MQ=255) tGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAg > 1:659272/1‑150 (MQ=255) gCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAGGGc < 1:1190388/150‑1 (MQ=255) acaGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAGGGCtt > 1:1195822/1‑150 (MQ=255) | TTTGCAGCAGCTGTGCGGCCAGCAGGTCGAGGCGTGGCTGCCAGCGTGCGGTACCGAACGCCAGGTCCTGGGTCAGGCCGCGGTCGCGTTCATCTACCTTGTCCAGTTGCGCCGGCAGCGAGCTGTTCAGCGAAGCCTTGCCGCTGAGCACAGCGGCCAGCGCACGGGCGGCGGCGAGGCGTGGGTTCATTGGCCCAGCACCTTGCCGGCGGCGAACTTCTCGCGGCGGCTGTTGAACAGGTCACTGAAGCTCAATGCCTTGCCGCCAGGCAGTTGCAGGCGGGTCAGGCTCAGGGCTT > NC_002947/77354‑77652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |