| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 693,593 | C→G | 9.2% | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 693,593 | 0 | C | G | 9.2% | 167.1 / 7.4 | 55 | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/23); new base G (2/3); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
ATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAA > NC_002947/693449‑693741 | aTCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc < 1:445583/150‑1 (MQ=255) gctgctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCt > 2:882557/2‑150 (MQ=255) ctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCTTATTACAGCAGCGAGCTTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGTGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGAc < 2:904476/150‑1 (MQ=255) tgGTCGTCGGCGTAGAACCGCGGGTGGCCTCTTGCCTCGTACCCTAGCGAGCGTTCGCGTCACAACGTTTGATACCCATGCCCCCCTAACGGGCGGGCCTGTGGTACGTCGCCAACCTCCAGGCTGCCGTCGAGCTCGGCGTGCTCgccg < 2:919739/150‑4 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGAGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcggc > 2:216777/1‑147 (MQ=255) tcgtctGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGAGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcggca < 1:216777/150‑5 (MQ=255) gTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGc < 2:475333/150‑1 (MQ=255) aGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGa > 2:934269/1‑150 (MQ=255) 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ggCCAAACGTGTAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑t < 1:18844/150‑1 (MQ=255) cAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc > 1:1212416/1‑116 (MQ=255) cAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc < 2:1212416/116‑1 (MQ=255) cAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGa > 2:413000/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATg > 1:1232060/1‑150 (MQ=255) agcagcGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAc > 2:780468/1‑107 (MQ=255) agcagcGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAc < 1:780468/107‑1 (MQ=255) agcgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGccc > 2:385771/1‑150 (MQ=255) gcgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGAGCATGCGTAGC‑TGGATGCGCACATCAGGGcccc > 2:1173741/1‑150 (MQ=255) gagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑Tgg > 2:162332/1‑129 (MQ=255) gagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑Tgg < 1:162332/129‑1 (MQ=255) cGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCGGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGGCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATTATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGa < 2:469533/150‑1 (MQ=255) gTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTc < 2:1232060/150‑1 (MQ=255) cAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGc > 2:1169850/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGcc > 1:1172047/1‑150 (MQ=255) cGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCATGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAg < 1:675827/150‑1 (MQ=255) cGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGAAGTGCGCGACCTGGCTGGGGACGATTACACCGGGC‑TGTATGCTCACAGCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAg > 1:606824/1‑150 (MQ=255) gTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAggg > 1:640243/1‑150 (MQ=255) aCTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATggg < 1:841063/150‑1 (MQ=255) cTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTAGCACTGGCTGGGGGCGATCATGAAGCTCATCGA‑CAACACATCGTGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGt > 1:287425/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTg > 2:314330/1‑150 (MQ=255) cccGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGc > 2:793478/1‑150 (MQ=255) aTAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCCGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCAtgt < 1:1173741/150‑1 (MQ=255) aaCGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGc < 1:1169850/150‑1 (MQ=255) gTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGc < 2:491579/73‑1 (MQ=255) gTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGc > 1:491579/1‑73 (MQ=255) ggTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAgg < 1:882557/150‑1 (MQ=255) cgacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATc > 1:885043/1‑94 (MQ=255) cgacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATc < 2:885043/94‑1 (MQ=255) cgacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGt < 1:314330/150‑1 (MQ=255) gacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTc > 1:845937/1‑150 (MQ=255) acgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg < 2:845937/150‑1 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg > 2:409024/1‑146 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCa > 1:807644/1‑150 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCCCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg < 1:409024/146‑1 (MQ=255) aCGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAgg > 1:522865/1‑150 (MQ=255) cGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGc < 1:793478/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATg > 2:548040/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTc > 1:469166/1‑150 (MQ=255) gAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGAGCGATCATGCGGATA‑AGGATGCGCACATCAGGGCTCCGTTCCGTGAGTTCTGCCAGTGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTcgcc > 2:1110631/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCaa < 2:807644/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCaa > 1:1165853/1‑150 (MQ=255) | ATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATC‑TGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAA > NC_002947/693449‑693741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |