Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 868,513 | G→A | 7.7% | L360L (CTG→TTG) | mqo‑I ← | malate:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 868,513 | 0 | G | A | 7.7% | 145.6 / 2.6 | 52 | L360L (CTG→TTG) | mqo‑I | malate:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
AGCACGCCGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGT > NC_002947/868365‑868660 | agcaCGCCGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAgg < 1:688518/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAAGTAc < 1:1214229/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAAGTAc < 1:1214515/150‑1 (MQ=255) cgccTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTgg > 1:1157341/1‑150 (MQ=255) gccTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGt < 1:1237660/150‑1 (MQ=255) ttttttCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAg > 1:945984/1‑150 (MQ=255) ttttttCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGACTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAg < 2:991849/150‑1 (MQ=255) gCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCa < 2:367843/150‑1 (MQ=255) tGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCggg > 2:487271/1‑150 (MQ=255) ccGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGa < 1:1129773/150‑1 (MQ=255) cGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGAt < 1:768853/150‑1 (MQ=255) gCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATg > 1:968129/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGc < 1:1142075/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCa < 1:916701/150‑1 (MQ=255) ggCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATgc < 1:99903/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAg > 1:1182288/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAg > 1:790237/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGc > 2:950689/1‑150 (MQ=255) gCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTcc > 1:523787/1‑150 (MQ=255) gCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTcc > 2:835739/1‑150 (MQ=255) tGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATc > 1:713372/1‑150 (MQ=255) gATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATAGAATGCAAAACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCg > 1:224689/1‑150 (MQ=255) tAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCAtgttgt > 1:563416/1‑82 (MQ=255) tAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCAtgttgt < 2:563416/82‑1 (MQ=255) aaCGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGt < 2:523787/150‑1 (MQ=255) ttCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACtt > 1:115923/1‑150 (MQ=255) aGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTa < 1:950689/150‑1 (MQ=255) ccATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCgg < 2:224689/150‑1 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCCTGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACtt < 2:456152/135‑1 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACtt > 1:456152/1‑135 (MQ=255) cATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACCTGGTAGTGAAACCGGc > 2:482540/1‑150 (MQ=255) tCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCAt > 1:939293/1‑150 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAg > 2:829570/1‑110 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAg < 1:829570/110‑1 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATAc > 2:1019007/1‑150 (MQ=255) gACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATAc > 1:454219/1‑150 (MQ=255) aCTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACg < 1:835739/150‑1 (MQ=255) aCTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGACAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACCGCGGCCGGTCCATCAGAGCGCCGCGCTTGAGGCCCTTGGTCGTGAAACCGGCATACg > 2:265144/1‑150 (MQ=255) aCTGCATAACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACg < 2:1157341/150‑1 (MQ=255) cTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACgg > 1:73185/1‑150 (MQ=255) tGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGa < 2:939293/150‑1 (MQ=255) gCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGAc > 2:193384/1‑150 (MQ=255) cATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCGTGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGAcc < 1:487271/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCGGTGCTTGTGGGAGGTGTTAGTGAAACCGGCATACGGACCg > 1:286446/1‑150 (MQ=255) aTCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCg > 1:1024419/1‑150 (MQ=255) aTCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCg > 1:592660/1‑150 (MQ=255) aTCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGACGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCg < 2:790237/150‑1 (MQ=255) cTGACCAAGTACCTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACagcagc > 1:195247/1‑150 (MQ=255) cTGACCAAGTACCTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGGGAAACCGGCATACGGACCGAACagcagc > 1:476223/1‑150 (MQ=255) aCCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGaa < 2:1024419/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGAGGTGCTTGAGCAACTTGGTAGTGAAGCCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGaa < 1:482540/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACCCCCAGCCTTGGTTTCGCGCTTCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGTTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGaa < 2:358919/150‑1 (MQ=255) cAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGAGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGt > 1:236116/1‑150 (MQ=255) | AGCACGCCGCCTTTTTTCGGGTCTTTCTTGATGATCTGCACGCGCTGACCCGCCACTTCCAGGCGCCAGTCCTCGGCCTTGGCCTGCGGATAGAAACGACGCAGGGCTTCCAGACGCTGCTCCATCGACTGCATCACTTCGCTGACCAGGTACTTGGTCAGGTCCATGTTGTCGCGGGCCACGGCCAGCATCGGGCCGATGTTGCCCATGCGCACCGACAGCGGCAGGTCCATCAGCGAGCCGTGCTTGAGGAACTTGGTAGTGAAACCGGCATACGGACCGAACAGCAGCGAAGT > NC_002947/868365‑868660 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |