| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,169,964 | T→C | 6.7% | D151G (GAC→GGC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,169,964 | 0 | T | C | 6.7% | 174.3 / 2.3 | 60 | D151G (GAC→GGC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/30); new base C (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
TCCACACCTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAATCAGGTCTTCACGTGCCTGGGTG > NC_002947/1169815‑1170104 | tCCACACCTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGt > 1:160387/1‑150 (MQ=255) ccTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCa < 1:408006/150‑1 (MQ=255) ccTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGCCCttgc > 2:1078910/1‑148 (MQ=255) ccTCGATGACCGAATCGCAGATCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGCCCttgc > 2:1078591/1‑148 (MQ=255) cTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCAc > 1:1086939/1‑150 (MQ=255) tCGATGACCGCGTCGCAGACGTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACg > 2:1196350/1‑150 (MQ=255) cGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGc > 2:523970/1‑150 (MQ=255) tGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCctt < 1:1202406/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGCCCTTGCCGCctttg < 1:1078591/150‑3 (MQ=255) aCCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGCCCTTGCCGCctttg < 1:1078910/150‑3 (MQ=255) gTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCcttgc > 1:778951/1‑145 (MQ=255) gTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCcttgc < 2:778951/145‑1 (MQ=255) gTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTc < 1:1280184/150‑1 (MQ=255) cAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGa > 1:881859/1‑150 (MQ=255) cctTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGa < 1:564722/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCtg < 1:958491/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCtggtg < 1:27595/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCg > 1:378189/1‑150 (MQ=255) ggTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGtt > 2:945842/1‑150 (MQ=255) tGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAg > 1:393419/1‑150 (MQ=255) gAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGGCGATGCGGCGGAACGACGGGTTGGTGGCGTTGTACAgtggg > 2:573242/1‑146 (MQ=255) tGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATg < 2:67601/150‑1 (MQ=255) tGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATg < 1:203956/150‑1 (MQ=255) ggAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATgg < 1:523970/150‑1 (MQ=255) gAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGc > 1:1096814/1‑150 (MQ=255) aaGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGcc < 1:487007/150‑1 (MQ=255) tCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCcttgc < 2:220416/80‑1 (MQ=255) tCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCcttgc > 1:220416/1‑80 (MQ=255) cACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCtgg < 2:1198661/118‑1 (MQ=255) cACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCtgg > 1:1198661/1‑118 (MQ=255) cTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGc > 2:1050259/1‑150 (MQ=255) gattttCCGCCTGCTCGGCGTCGTACTTCACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCAc < 1:573242/147‑1 (MQ=255) ccGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCa < 1:641140/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTGCGCACCGCGCa < 2:378189/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATgcg > 1:513495/1‑89 (MQ=255) ggCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATgcg < 2:513495/89‑1 (MQ=255) gctgctGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTg > 2:608115/1‑150 (MQ=255) gctgctGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTg > 2:807213/1‑150 (MQ=255) gggCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGAtt > 1:260361/1‑147 (MQ=255) gggCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGAtt < 2:260361/147‑1 (MQ=255) ggcggcGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGaa < 1:608115/150‑1 (MQ=255) ggcggcGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGACTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGCGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGaa < 2:160387/150‑1 (MQ=255) gcggcgTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAg < 1:807213/150‑1 (MQ=255) gcgTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTa > 1:1282511/1‑150 (MQ=255) gTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCgc < 2:84937/143‑2 (MQ=255) gTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGa > 1:84937/1‑143 (MQ=255) tACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACgg < 1:1050259/150‑1 (MQ=255) tACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACgg < 2:1282511/150‑1 (MQ=255) aCTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTAAAGGGGGACGATGGCCTTCTGCGCACCGCGCAGTAATTAGCAGGTACggg > 2:280031/1‑150 (MQ=255) cTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGc < 1:945842/150‑1 (MQ=255) ttGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGtt < 1:899336/95‑1 (MQ=255) ttGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGtt > 2:899336/1‑95 (MQ=255) gACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATgcgg < 1:983818/70‑1 (MQ=255) gACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATgcgg > 2:983818/1‑70 (MQ=255) gACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAAt > 2:92766/1‑150 (MQ=255) gAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAATCAg < 2:881859/150‑1 (MQ=255) gAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTCTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGGAATCAg < 1:1196350/150‑1 (MQ=255) gCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAATCAGGTCTTCACGt > 1:393034/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAATCAGGTCTTCACGTGCCTGGGTg > 1:1173728/1‑150 (MQ=255) cgcgATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCttcttc < 2:1006327/94‑1 (MQ=255) cgcgATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCttcttc > 1:1006327/1‑94 (MQ=255) | TCCACACCTCGATGACCGCGTCGCAGACCTCCTTGGCGAACTCCATTTCAGTGGCGCTGAAGGTTTCTGGCGAGTACTGGAAGGTCCACTGGGTTTCCGGCTGCTGGGCGGCGTACTTGACGAACAGCTTGGCCGCGTTCACCGCGATGTCCTTCACGCCTTGCTTGTCCTGATTGAAGACGATGCGGCGGAACGACGGGCTGGTGGCGTTGTACAGGTGGACGATGGCCTTCTTCGCACCGCGCAGTGATTCGAAGGTACGGGCAATCAGGTCTTCACGTGCCTGGGTG > NC_002947/1169815‑1170104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |