| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,265,838 | A→G | 6.8% | L719P (CTT→CCT) | quiP ← | acyl‑homoserine lactone acylase QuiP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,265,838 | 0 | A | G | 6.8% | 171.7 / 2.5 | 59 | L719P (CTT→CCT) | quiP | acyl‑homoserine lactone acylase QuiP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/26); new base G (2/2); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
GTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCG > NC_002947/1265706‑1265984 | gTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATc > 2:129372/1‑150 (MQ=255)gTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATc > 1:573231/1‑150 (MQ=255) tCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCg > 2:796281/1‑150 (MQ=255) tCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCAc > 2:1091080/1‑150 (MQ=255) cTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCAcc < 2:669377/150‑1 (MQ=255) tGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCAccc < 2:573231/150‑1 (MQ=255) tGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCAccc < 2:731832/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAg < 1:509596/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTg < 1:430791/150‑1 (MQ=255) aGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCg < 1:308847/150‑1 (MQ=255) tCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCg < 2:699849/142‑1 (MQ=255) tCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCg > 1:699849/1‑142 (MQ=255) tCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGc > 1:816699/1‑150 (MQ=255) gacgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCa < 1:372151/118‑1 (MQ=255) gacgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCa > 2:372151/1‑118 (MQ=255) acgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATTCGTGTCTAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTATGCCGGTGCCGGCCAg > 1:993639/1‑150 (MQ=255) atcCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTAc > 2:1065754/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTg < 1:796281/150‑1 (MQ=255) cGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTgg < 1:129372/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCTGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGt < 1:865330/150‑1 (MQ=255) ccGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCa < 1:754004/150‑1 (MQ=255) cGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTAGTGGTGGAg > 1:858629/1‑150 (MQ=255) cGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAg > 2:610869/1‑150 (MQ=255) tGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGcc < 2:442689/150‑1 (MQ=255) gCAGATGAGGGTCGAAGTTGCTGCCCCGGGGGAATGGTGTGAGGGGGAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCGCCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGcccc < 2:191125/150‑1 (MQ=255) gCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGcc > 2:783866/1‑150 (MQ=255) gtgtCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTGGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAg > 1:1002189/1‑150 (MQ=255) tgtCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAgg > 2:533646/1‑150 (MQ=255) cGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGCGGGACAGGGTGGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGc < 2:920078/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCg > 2:1147356/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACgg < 1:708534/70‑1 (MQ=255) gTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACgg > 2:708534/1‑70 (MQ=255) cGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCgtcggt < 1:783866/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGccc > 2:97834/1‑150 (MQ=255) cAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCTAACGGCt > 2:191772/1‑62 (MQ=255) cAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCTAACGGCt < 1:191772/62‑1 (MQ=255) aGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGcccccc > 2:57619/1‑149 (MQ=255) aaTGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCtgt > 1:127985/1‑150 (MQ=255) aTGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGACCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCtgtg < 1:1065754/150‑1 (MQ=255) tGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGc < 1:822340/150‑1 (MQ=255) aGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTcc > 1:428059/1‑150 (MQ=255) ggTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCAt > 1:945637/1‑150 (MQ=255) tGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTgcgc > 2:611420/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGcgcc < 2:668157/150‑1 (MQ=255) ccgttCGCCGCTTGCCGCAGGCGGCGACCGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGcc > 2:279301/5‑118 (MQ=255) ccgttCGCCGCTTGCCGCAGGCGGCGACCGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGcc < 1:279301/114‑1 (MQ=255) aaGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAg > 2:1164838/1‑86 (MQ=255) aaGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAg < 1:1164838/86‑1 (MQ=255) gttCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGcgcccg > 2:158944/3‑150 (MQ=255) gccgctTGCCGCAGGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTgg > 1:880228/1‑76 (MQ=38) gccgctTGCCGCAGGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTgg < 2:880228/76‑1 (MQ=38) gccgccTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACt < 1:826854/92‑1 (MQ=255) gccgccTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACt > 2:826854/1‑92 (MQ=255) gccgccTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAg > 2:777889/1‑150 (MQ=255) gccgccTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAg < 2:404559/150‑1 (MQ=255) gCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCCGCTCATGGTATGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCgg < 1:1048544/150‑1 (MQ=255) cGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGt < 1:1270052/91‑1 (MQ=255) cGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGt > 2:1270052/1‑91 (MQ=255) gCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATAACCGACTATATTAAGCGCGCCAGGCTGGGGGCg > 1:346959/1‑150 (MQ=255) | GTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACTGGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCG > NC_002947/1265706‑1265984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |