Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,375,668 | G→A | 8.7% | A428T (GCC→ACC) | kup → | potassium transport system protein Kup |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,375,668 | 0 | G | A | 8.7% | 123.6 / 3.1 | 46 | A428T (GCC→ACC) | kup | potassium transport system protein Kup |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/22); new base A (2/2); total (22/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 |
CGGTACCATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGCCATTGCCATTGTTCATCAGC > NC_002947/1375544‑1375817 | cGGTACCATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAggg > 2:311291/1‑150 (MQ=255) cGGTACCATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAggg < 1:311291/150‑1 (MQ=255) cATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGc < 1:780487/150‑1 (MQ=255) cATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGc > 2:293705/1‑150 (MQ=255) cATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGc < 1:204102/150‑1 (MQ=255) tGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTcc > 2:1063207/1‑150 (MQ=255) caccacCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGgt < 2:205438/150‑1 (MQ=255) caccGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGtt < 2:155410/150‑1 (MQ=255) caccGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCCGTGtt > 1:479939/1‑150 (MQ=255) tggcttgtCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCgg < 1:1111981/145‑1 (MQ=255) cTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGAGTTGGCCggt > 2:482755/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCt > 2:629040/1‑150 (MQ=255) gTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTAc < 1:422634/150‑1 (MQ=255) tgctgctgTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGcc < 1:314393/101‑1 (MQ=255) tgctgctgTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGcc > 2:314393/1‑101 (MQ=255) ctgctgTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCACCAACGTGCCGAAAACCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCtgatg > 1:159932/1‑150 (MQ=255) tgctgTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCtgatga > 1:1251724/1‑150 (MQ=255) ctgTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGc < 2:1251724/150‑1 (MQ=255) tgtgGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCa > 2:267827/1‑150 (MQ=255) tgGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGtgtg < 2:65719/129‑1 (MQ=255) tgGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGtgtg > 1:65719/1‑129 (MQ=255) gCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGAtt > 1:190789/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGAACATTGTCAGGCCTATGTGCTCATCAGTACCGTGAAGCTCGGCAAGCAGATTCTgg < 1:482755/150‑1 (MQ=255) gATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGa < 1:629040/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAgc < 1:151026/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAgcgc < 1:734004/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCACCAACGTGCCGAAAACCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCa < 2:159932/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGAt > 1:1160911/1‑150 (MQ=255) gCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCCACAGCG‑GGTGCCTTCCCGGTGTGGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATg > 1:478851/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGaa > 2:972313/1‑150 (MQ=255) tgctgGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTAc < 1:508597/89‑1 (MQ=255) tgctgGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTAc > 2:508597/1‑89 (MQ=255) gTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGAtt < 2:1107202/120‑1 (MQ=255) gTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGAtt > 1:1107202/1‑120 (MQ=255) cGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCtgccatt < 2:1160911/150‑1 (MQ=255) ttGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCtgccattgcca < 2:479939/149‑1 (MQ=255) cTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCtgccattgcca > 2:550385/1‑150 (MQ=255) tGTTCTTCGCCACCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCGCCTGGAAGCGCgg < 2:450269/100‑1 (MQ=255) tGTTCTTCGCCACCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCgg > 1:450269/1‑100 (MQ=255) ttcttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAgc < 2:1126719/118‑1 (MQ=255) ttcttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAgc > 1:1126719/1‑118 (MQ=255) ttcttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGccattgccattg < 1:267827/150‑1 (MQ=255) ttcttcGCAGACAACGTGGCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGGTGATTAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGccattgccattg < 2:190789/150‑1 (MQ=255) cttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTAGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGCCATTGCCATTGtt > 1:487189/1‑150 (MQ=255) ttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGa > 2:103944/1‑122 (MQ=255) ttcGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGa < 1:103944/122‑1 (MQ=255) ccgccAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGTTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGcgcg < 1:1048727/90‑1 (MQ=255) ccgccAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGTTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGcgcg > 2:1048727/1‑90 (MQ=255) cgccAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGCCATTGCCATTGTTCATcag < 1:972313/150‑1 (MQ=255) gccAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGCCATTGCCATTGTTCATcagc > 1:845083/1‑150 (MQ=255) | CGGTACCATGCTGATCACCACCGTCCTGGTGTCAGCGGTGATGCTGCTGCTGTGGAAGTGGCCGCCGCTGCTCGCAGTGCCGATTCTGGTCGGCTTCCTGCTGGTCGACGGGCTGTTCTTCGCCGCCAACGTGCCGAAAATCGCC‑CAGGGCGGTGCCTTCCCGGTGTTGGCCGGTGGTGTGCTGTACCTGCTGATGAGCACCTGGAAGCGCGGCAAGCAGATTCTGGTCGAGCGCATCGATGAAGGGGCGCTGCCATTGCCATTGTTCATCAGC > NC_002947/1375544‑1375817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |