| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,484,187 | C→A | 10.8% | G86G (GGC→GGA) | yhdX → | amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,484,187 | 0 | C | A | 10.8% | 100.4 / 2.8 | 37 | G86G (GGC→GGA) | yhdX | amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base A (2/2); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
CTGTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGACCGTCTATGTGGAAACCTTCCGCAACATTCC > NC_002947/1484041‑1484330 | cTGTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTg > 1:785510/1‑150 (MQ=255) gTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCt < 2:165991/150‑1 (MQ=255) gTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCt > 2:381115/1‑150 (MQ=255) gTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGATTAGACTTAATCGACCGCAGTGCCGGCTGCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTGGTCATCGGCCTGCt > 1:480308/1‑150 (MQ=255) cacaACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAAt > 2:733550/1‑150 (MQ=255) gCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGtt > 1:774327/1‑150 (MQ=255) cTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTc > 2:137065/1‑150 (MQ=255) cTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGACTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTc > 1:950111/1‑150 (MQ=255) cGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTc > 1:45188/1‑150 (MQ=255) tCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTgg < 1:137065/150‑1 (MQ=255) aCCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATa > 1:515309/1‑115 (MQ=255) aCCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTACGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATa < 2:515309/115‑1 (MQ=255) cTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGcgac > 1:345434/1‑150 (MQ=255) cTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGACTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGc < 2:488309/141‑1 (MQ=255) cTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGACTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGc > 1:488309/1‑141 (MQ=255) tCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTtca < 1:733550/150‑1 (MQ=255) gCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGgtg < 1:15920/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTgg < 2:774327/150‑1 (MQ=255) ggCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGACTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGc < 2:950111/150‑1 (MQ=255) cGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTc > 2:1127924/1‑150 (MQ=255) gTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTgg > 2:479767/1‑138 (MQ=255) gTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTgg < 1:479767/138‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCACGAGCTCTTGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGAGACAGTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCg > 1:1197240/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCTGCCCCCTTCGGTTGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTg < 2:1197240/150‑1 (MQ=255) cACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTg < 2:365883/72‑1 (MQ=255) cACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCCCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTg > 1:365883/1‑72 (MQ=255) aCCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGgatga < 2:345434/150‑1 (MQ=255) ccTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGgatgat < 2:785510/150‑1 (MQ=255) cgcTATGTGGAATCGGACAGTTGTGGGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAg < 2:45188/148‑1 (MQ=255) cccTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAg < 2:201822/150‑1 (MQ=255) tgGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGa > 2:455198/1‑150 (MQ=255) tgAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGAc > 2:827141/2‑150 (MQ=255) gAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGAcc < 1:1127924/150‑1 (MQ=255) tCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGACCGTc > 1:1252518/1‑150 (MQ=255) ttATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGACCGTCTATGTGGa > 2:846440/1‑150 (MQ=255) tATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGACCGTCTATGTGGaa < 1:381115/150‑1 (MQ=255) cATCGGCCTGCTCAATTCGCTGTTGTTGACCTTCATCGGCGTTCTTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTTTCCCCGAACTGTATGATGAACAAGCTGGCGATCGTCTATGTGGAACCCTTCCGCAACATTcc < 1:455198/150‑1 (MQ=255) | CTGTTCCACAACACGCAAACCAACCTGCAACACCGGGGCATCACCTCGGGCTTCGACTTCCTCGACCGCAGTGCCGGCTTCGGTATCGCCCAGCACCTGATCCCCTATGTGGAATCCGACAGTTATGCGCGGGTGTTCGTCATCGGCCTGCTCAATACGCTGTTGGTGACCTTCATCGGCGTCATTCTGGCGACGATACTGGGCTTCATCATCGGTGTGGCTCGCCTGTCACCGAACTGGATGATCAACAAGCTGGCGACCGTCTATGTGGAAACCTTCCGCAACATTCC > NC_002947/1484041‑1484330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |