Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,522,170 | G→T | 8.1% | P12P (CCG→CCT) | ftsW → | lipid II flippase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,522,170 | 0 | G | T | 8.1% | 153.3 / 2.7 | 49 | P12P (CCG→CCT) | ftsW | lipid II flippase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/19); new base T (2/2); total (28/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
GCCCAGGCCGGCGATGCCGTGCTGCTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTATCACATGTTTCGC > NC_002947/1522025‑1522317 | gCCCAGGCCGGCGATGCCGTGCTGCTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGa > 2:158549/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCCGGCGATGCCGTGCTGCTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGa > 2:798643/1‑150 (MQ=255) gccccgcgcTGCCGTGCTGGTGTCGCCATTCTCCGCCAGGCTCGACATGTTCAAGAACTTCTAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGGGGGAGGGCTTGCATGATGTTCGGCATCTTCAAACCCTGCCCGTCGCAGCTGATCAGc < 2:525673/145‑1 (MQ=255) cGATGCCGTTCTGCTGTCGCCAGCATTCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGcgac < 1:637162/150‑4 (MQ=255) gATGCCGTGCTGCTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTg < 1:1143381/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGa < 2:1144119/150‑1 (MQ=255) gCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTc > 1:943950/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCt < 2:284672/118‑1 (MQ=255) ccAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCt > 1:284672/1‑118 (MQ=255) cATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGAt > 2:1194625/1‑150 (MQ=255) aTGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGc > 1:414084/1‑146 (MQ=255) aTGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGc < 2:414084/146‑1 (MQ=255) aaGAACTTCTTGGAACTTTGTCGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGc > 2:258150/1‑150 (MQ=255) aGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGct > 1:227280/1‑150 (MQ=255) gAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGctg > 2:619441/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCGGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGctgggcc < 1:460253/150‑1 (MQ=255) aaCGGGGACGCCTGTTCGTCTAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATTTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTgggcctgggcct < 2:539995/150‑1 (MQ=255) ggACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCTCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTgg > 1:728014/1‑99 (MQ=255) ggACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCTCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTgg > 1:728059/1‑99 (MQ=255) ggACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCTCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTgg < 2:728014/99‑1 (MQ=255) ggACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCTCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTgg < 2:728059/99‑1 (MQ=255) ggACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGCGCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGtga < 1:966139/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGtgatg > 2:1200909/1‑150 (MQ=255) cGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGtgatga < 1:258150/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACtt > 2:815228/1‑150 (MQ=255) cccAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGCGCCCCCGACCTGGAATTCATGATGCTCGCCGGTTTCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGc < 1:798643/150‑1 (MQ=255) gggAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGaa > 2:406631/1‑150 (MQ=255) ggAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAg > 2:1050212/1‑150 (MQ=255) gAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGAc > 2:1172996/1‑70 (MQ=255) gAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGAc < 1:1172996/70‑1 (MQ=255) gAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGt < 1:158549/150‑1 (MQ=255) ttGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGc < 1:406631/150‑1 (MQ=255) tGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGc > 2:1014480/1‑131 (MQ=255) tGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGc < 1:1014480/131‑1 (MQ=255) cATGATCTTCGTCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGAACAGCGGCCGTGCCAGCATTTCCGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGt > 2:1008883/1‑150 (MQ=255) aTGATCTTGGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTa < 2:171099/150‑1 (MQ=255) aTGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCg > 2:805163/1‑126 (MQ=255) aTGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCg < 1:805163/126‑1 (MQ=255) gATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACa > 1:477352/1‑150 (MQ=255) gCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCa > 2:1211196/1‑150 (MQ=255) aTCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAAc > 1:837677/1‑150 (MQ=255) ttCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCg > 1:308985/1‑150 (MQ=255) aCCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGTGTCTAGTGATGATCACTTCGGCCCCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTa > 2:1127019/1‑150 (MQ=255) aCCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTa > 2:647003/1‑150 (MQ=255) aCCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGa < 1:373116/40‑1 (MQ=255) aCCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGa > 2:373116/1‑40 (MQ=255) aCCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTGCAGTCCGGCAACCCGCTGTATcaca < 1:815228/150‑1 (MQ=255) aCCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTATcaca > 1:566272/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTATCACATg > 2:828045/1‑150 (MQ=255) ccgcTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTATCACATGTTTCGc < 1:828045/150‑1 (MQ=255) gcTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCtt < 1:624227/60‑1 (MQ=255) gcTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCtt > 2:624227/1‑60 (MQ=255) | GCCCAGGCCGGCGATGCCGTGCTGCTGTCGCCAGCATGCGCCAGCCTCGACATGTTCAAGAACTTCGAGGAACGGGGACGCCTGTTCGCCCAGGCAGCGGGAGGTCTTGCATGATCTTCGGCATCTTCAAACCCTACCCGTCGCCGCTGATCAGCGGCCGTGGCATCGACCTGGACTTCCCGATGCTCGCCGGTTGCCTGGCCTTGCTGGGCCTGGGCCTGGTGATGATCACTTCGGCCTCCTCGGAAGTGGCTGCGGTACAGTCCGGCAACCCGCTGTATCACATGTTTCGC > NC_002947/1522025‑1522317 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |