Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,619,489 | A→T | 11.9% | L263Q (CTG→CAG) | opdH ← | tricarboxylate‑specific outer membrane porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,619,489 | 0 | A | T | 11.9% | 109.4 / 8.5 | 42 | L263Q (CTG→CAG) | opdH | tricarboxylate‑specific outer membrane porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/19); new base T (2/3); total (20/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 |
CACTTTCGCCGGACAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAG > NC_002947/1619340‑1619638 | cACTTTCGCCGGACAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCa > 1:728233/1‑150 (MQ=255) cGGACAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCTGGGTGccga < 1:1262554/150‑3 (MQ=255) gACAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGACCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCggg < 2:391848/150‑1 (MQ=255) aCAACTGCTGCCAGGCGGCGCTTACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGc < 2:763984/150‑1 (MQ=255) cAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGcc > 1:802189/1‑150 (MQ=255) ctgctgCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAgg > 2:269956/1‑136 (MQ=255) ctgctgCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAgg < 1:269956/136‑1 (MQ=255) gctgcCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAgg < 2:404497/150‑1 (MQ=255) gcCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGTGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGtt < 1:1025834/150‑1 (MQ=255) gCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCgg > 1:680813/1‑150 (MQ=255) aGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTggg > 2:847855/1‑117 (MQ=255) aGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTggg < 1:847855/117‑1 (MQ=255) cGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCt > 1:148851/1‑150 (MQ=255) ttGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTgg < 1:335267/150‑1 (MQ=255) gACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGc < 2:896786/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTgg < 2:728233/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGc > 1:578131/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGc < 2:148851/150‑1 (MQ=255) cGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGc > 1:823179/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGCTGcgg > 1:373562/1‑150 (MQ=255) ttGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGcggt < 2:589185/148‑1 (MQ=255) ttGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGcggt > 1:589185/1‑148 (MQ=255) cTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGa > 2:697402/1‑150 (MQ=255) cTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGa > 1:111888/1‑150 (MQ=255) ctaCCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTAGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAAc < 2:931939/148‑1 (MQ=255) ccGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGAGCAGGTACGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGATGGCGACCGCGCCGTAGATCGGAAGAGCACAGGTATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGATGGTGCTGTGGGTGAACtag > 1:931939/1‑148 (MQ=255) gtcgtcGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTc > 1:1022661/1‑150 (MQ=255) tcgCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAgc < 1:697402/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCa > 1:321607/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGc > 1:269792/1‑150 (MQ=255) cgcAGGTCGGCACCCAGGGTGCCAGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGAACATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAgg < 2:269792/150‑1 (MQ=255) gcAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGa < 2:516666/57‑1 (MQ=255) gcAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGa > 1:516666/1‑57 (MQ=255) ggTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTTGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGt < 2:680813/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGt < 2:802189/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGt > 1:840939/1‑150 (MQ=255) cccgggCACCCTGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGt > 2:1101080/5‑150 (MQ=255) cgggCACCCTGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGa < 2:972381/113‑1 (MQ=255) cgggCACCCTGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGa > 1:972381/3‑115 (MQ=255) cgggCACCCTGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCa < 1:1101080/148‑1 (MQ=255) aCCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCt < 1:940943/74‑1 (MQ=255) aCCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCt > 2:940943/1‑74 (MQ=255) cAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGaa < 2:111888/150‑1 (MQ=255) aGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAg > 2:137465/1‑150 (MQ=255) | CACTTTCGCCGGACAACTGCTGCCAGGCGGCGCTGACCTTGTGCCCGCCCAGGGCATAGCTGAGCATGCCGTTGACGGTGGTGTTGTCGATGTTGCCGGCCTTGGCTGCACCGGCGTCGTCGCTCATGGCAAGGCGCAGGTCGGCACCCAGGGTGCCCGGGCCCCAGGGTTGGGTGGCGACCATGCCGATGAAGTGCTGGCGGTAGATATCGTCGAGCTGGGCGAAGTGGTAGCTGCCGGTGATGCGGTCGGTGAACTGGTAGTCGAGCCCGCCCAGGGCCAGGTTGTCAGCGCTGAAG > NC_002947/1619340‑1619638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |