Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,648,067 | G→A | 9.1% | L233F (CTC→TTC) | oprB‑II ← | carbohydrate‑selective porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,648,067 | 0 | G | A | 9.1% | 113.5 / 3.1 | 44 | L233F (CTC→TTC) | oprB‑II | carbohydrate‑selective porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/22); new base A (2/2); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 |
CGGCTGACCGTTGCTGTCCTTGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGCCACCCACCCAG > NC_002947/1647918‑1648209 | cggcTGACCGTTGCTGTCCTTGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGT‑GTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGc < 2:808334/150‑1 (MQ=255) ggcTGACCGTTGCTGTCCTTGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGc > 2:1205078/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGTCCTTGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGATCCATACCAGTTCGCACGGGATTACGGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGaaagc > 1:170163/1‑148 (MQ=255) agTCCTGGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTCCTGTAGCAGCGAACGTCTCGTGATTCCCCTTTCAAGGCTAGATTGCTGGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGc < 1:287530/149‑1 (MQ=255) agaACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCACTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCg > 1:554657/1‑150 (MQ=255) gaACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGT‑GTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAg > 2:711037/1‑150 (MQ=255) tCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTg < 1:150784/150‑1 (MQ=255) tCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTg < 1:435253/150‑1 (MQ=255) aCTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTAAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGaa < 2:246798/150‑1 (MQ=255) aCTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTGTCCAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGaa < 1:1096991/150‑1 (MQ=255) aCTGTAGTAGGAGCCGGCACGATATTCCCCTTTAAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGaa < 2:246843/150‑1 (MQ=255) aCGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAGCGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGa < 2:188337/110‑1 (MQ=255) aCGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAGCGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGa > 1:188337/1‑110 (MQ=255) cTTTCGAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGa > 2:981714/1‑129 (MQ=255) cTTTCGAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGa < 1:981714/129‑1 (MQ=255) aaGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGCCCGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAgg > 1:1266021/1‑150 (MQ=255) aaGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAgg < 1:1205078/150‑1 (MQ=255) ttGGATACGTGGGGTCCATACCAGGTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTa < 2:232291/150‑1 (MQ=255) ggATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCCTTAACGCACCCTGGGTGCCGCTTCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAgc < 2:1266021/150‑1 (MQ=255) aCGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCAc > 1:74123/1‑150 (MQ=255) ggTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAg < 2:1054712/150‑1 (MQ=255) gTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgg < 1:201888/124‑1 (MQ=255) gTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgg > 2:201888/1‑124 (MQ=255) tACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAACTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCa > 1:301587/1‑150 (MQ=255) tACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAACTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCa > 1:301596/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgggg < 1:155249/120‑1 (MQ=255) aCCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgggg > 2:155249/1‑120 (MQ=255) cAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCtt > 1:1051447/1‑48 (MQ=255) cAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCtt < 2:1051447/48‑1 (MQ=255) cAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGc > 1:894965/1‑144 (MQ=255) cAGTTCGAAAGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGc < 2:894965/144‑1 (MQ=255) ttCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGCAATGGGCGTACAGCATGTGGGTCAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCt > 1:1103448/1‑150 (MQ=38) ttCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCt > 1:1130624/1‑150 (MQ=255) tCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgggg < 2:124451/114‑1 (MQ=255) tCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCgggg > 1:124451/1‑114 (MQ=255) ggCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGc > 1:994199/1‑150 (MQ=255) ggCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGc > 1:704826/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGAt < 2:170163/150‑1 (MQ=255) gggTGCCGCTGCCGCTGAACTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGc < 2:301587/150‑1 (MQ=255) gggTGCCGCTGCCGCTGAACTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGc < 2:301596/150‑1 (MQ=255) ccgctgccgctgAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGccaccc < 2:554657/150‑1 (MQ=255) cgctgccgctgAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTGAAATATGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGccaccca > 2:437292/1‑150 (MQ=255) gctgccgctgAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGccacccac < 1:1142156/150‑1 (MQ=255) ccgctgAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGCCACCCACCCAg < 2:74123/150‑1 (MQ=255) | CGGCTGACCGTTGCTGTCCTTGAGAACATCTTGTGCCTTGGCATTACTGTAGTAGTAGCCGGCACGATATTCCCCTTTCAAGCCTTGGATACGTGGGGTCCATACCAGTTCGAACGGCATTACCGCACCCTGGGTGCCGCTGCCGCTGAGCTTGAAACCATTGCCGGATTCGAGGTTGGAAGGGTTCTGCTCGAAGACGCCGACCTGGGCGTACAGCTCGGGGGTAAGGTTGTAGCGCACGCGCAGGGCCCACTGGCTGACTGGCCAGTTGTACCAGATGCCACCCACCCAG > NC_002947/1647918‑1648209 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |