Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,832,443 | G→A | 8.3% | P130P (CCG→CCA) | PP_1635 → | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,832,443 | 0 | G | A | 8.3% | 134.4 / 2.7 | 48 | P130P (CCG→CCA) | PP_1635 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/20); new base A (2/2); total (26/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
GTGATGGTTTCGGCACAGGAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTATGAGCTGAGCG > NC_002947/1832300‑1832588 | gtgATGGTTTCGGCACAGGAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAg < 2:199388/150‑1 (MQ=255) gCACAGGAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAg > 2:347024/1‑150 (MQ=255) caGGAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTc < 2:143870/150‑1 (MQ=255) gAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCCGGCGTTCGAAAAGTTCGAt < 2:1043545/150‑1 (MQ=255) gccgccGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGAt > 2:460144/1‑144 (MQ=255) gccgccGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGAt < 1:460144/144‑1 (MQ=255) gccgccGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCg > 1:877224/1‑150 (MQ=255) gtCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAg < 1:347024/150‑1 (MQ=255) cAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGgc < 1:26461/150‑1 (MQ=255) ccGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAg > 1:1222343/1‑150 (MQ=255) cgcgAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGttt < 1:102225/127‑1 (MQ=255) cgcgAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGttt > 2:102225/1‑127 (MQ=255) gcgAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCg > 2:732219/1‑150 (MQ=255) gAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCgcc < 1:1009758/150‑3 (MQ=255) gcgcCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTg‑‑g < 1:262543/150‑1 (MQ=255) gTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCa > 2:770831/1‑150 (MQ=255) gTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCa > 2:775449/1‑150 (MQ=255) tttCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCAc < 2:1222343/150‑1 (MQ=255) ttCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCAcg > 2:772863/1‑150 (MQ=255) tCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGATAGGCAGTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCAcgc > 1:78856/1‑150 (MQ=255) ttCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCCACGGCGCGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCATCAcgccgc > 2:632885/1‑150 (MQ=255) ccAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCgcagc > 1:1084099/1‑150 (MQ=255) ccAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCgcagc > 2:188105/1‑150 (MQ=255) aaGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTg‑‑g < 1:265286/130‑1 (MQ=255) aaGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTg‑‑g > 2:265286/1‑130 (MQ=255) cAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCcg > 1:1056000/1‑150 (MQ=255) aGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCAcgc > 2:1072721/1‑136 (MQ=255) aGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCAcgc < 1:1072721/136‑1 (MQ=255) ccTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACt > 2:1078400/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTg > 2:348651/1‑150 (MQ=255) gTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATg < 1:770831/150‑1 (MQ=255) tCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCACCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGaa < 2:174248/101‑1 (MQ=255) tCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCACCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGaa < 2:174289/101‑1 (MQ=255) tCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCACCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGaa > 1:174248/1‑101 (MQ=255) tCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCACCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGaa > 1:174289/1‑101 (MQ=255) cAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGc < 1:772863/150‑1 (MQ=255) cAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTAGGACGCGGCCAAGGACGAC‑TCGAATG‑TTGCTGTCATCCGCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGc < 1:348651/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCtt > 2:612838/1‑150 (MQ=255) gTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTg > 2:807783/1‑150 (MQ=255) aaGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGCAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAAc > 2:931250/1‑150 (MQ=255) ggTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtga > 2:4496/1‑150 (MQ=255) tggtggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctg > 1:962817/1‑150 (MQ=255) ggtggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctga < 1:775449/150‑1 (MQ=255) tggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctgagc < 2:877224/150‑1 (MQ=255) tggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctgagc < 2:962817/150‑1 (MQ=255) tggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctgagc < 1:612838/150‑1 (MQ=255) tggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTAtgagctgagc < 1:807783/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTATGAGCTGAGCg > 2:1072732/1‑150 (MQ=255) | GTGATGGTTTCGGCACAGGAAGAGGCCGCCGTGGTGGTCAAGTCCCGCGAGTTCGGCGCCAGTGGTTTCATTCCCAAGTCCAGCACCCTGGAAGTGATCCAGGATGCGGTGCGCAAGGTACTCGACGGCGAGGTCTGGTGGCCGCCGCAGGCGTTCGAAAAGGTCGATGTTTCGGCCGAGGCCAAGGCCGCCAGCGAAGGCTTG‑‑GCCAGCCTCACGCCGCAGCAGTTCCGCGTACTGACCATGGTCTGCGAAGGCTTGCTGAACAAGCAGATCGCCTATGAGCTGAGCG > NC_002947/1832300‑1832588 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |