| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,897,184 | T→A | 11.4% | noncoding (6/52 nt) | PP_mr24 ← | mini‑ykkC regulatory region |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,897,184 | 0 | T | A | 11.4% | 140.2 / 6.9 | 52 | noncoding (6/52 nt) | PP_mr24 | mini‑ykkC regulatory region |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base A (4/2); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GGTGTATTTGAGGCCGACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAAT > NC_002947/1897047‑1897333 | ggTGTATTTGAGGCCGACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTggg < 1:767569/150‑1 (MQ=255) gtgtATTTGAGGCCGACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGACGACCTCAcga > 1:513782/1‑143 (MQ=255) gtgtATTTGAGGCCGACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGACGACCTCAcga < 2:513782/145‑3 (MQ=255) ttGAGGCCAACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATg < 1:762313/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCgg > 2:719520/1‑150 (MQ=255) aGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGcc > 1:323260/1‑150 (MQ=255) cgggCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACcgcg > 2:536128/3‑150 (MQ=255) gCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGGCTTGCGGGCACGACTGCGCCt > 1:634225/1‑150 (MQ=255) gAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGc > 2:196995/1‑150 (MQ=255) 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1:296794/150‑1 (MQ=255) tcCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTAccc > 1:1236768/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGa > 1:1239863/1‑150 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg > 2:446234/1‑114 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg < 1:1086042/114‑1 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg > 2:1086042/1‑114 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg < 1:446234/114‑1 (MQ=255) 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ggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCa < 1:120157/58‑1 (MQ=255) ggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCa > 2:120157/1‑58 (MQ=255) gcGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCAcc > 1:857069/2‑40 (MQ=255) gcGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCAcc < 2:857069/39‑1 (MQ=255) ccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTAc < 2:677080/100‑1 (MQ=255) ccGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTAc > 1:677080/1‑100 (MQ=255) gTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAgg > 2:699562/1‑150 (MQ=255) aCGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTc < 2:1116089/144‑1 (MQ=255) 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ccacggtGAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGGAATGGGTTACCACTTGCTGGCGCGTGTTTACCCGCAAAGGGGCCGGAGGTTGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTg > 2:1231843/6‑150 (MQ=255) ccacggtGAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTg > 2:334719/6‑150 (MQ=255) cacggtGAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGc > 1:107645/5‑150 (MQ=255) gAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCa < 2:235128/150‑1 (MQ=255) gAGGACGACCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCAGGGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCa < 1:1231843/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATa > 2:78592/1‑150 (MQ=255) gtcgtcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATAc > 2:544550/1‑150 (MQ=255) tcCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAAt < 2:634225/150‑1 (MQ=255) | GGTGTATTTGAGGCCGACGGCCCAGCCGACCTCGAACAGGCCGGCGAAAAACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAAT > NC_002947/1897047‑1897333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |