| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,901,803 | A→T | 11.5% | D771V (GAC→GTC) | PP_1703 → | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,901,803 | 0 | A | T | 11.5% | 116.9 / 8.6 | 44 | D771V (GAC→GTC) | PP_1703 | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/20); new base T (2/3); total (21/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
GACGCCCTTGATCTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCCGCGCCA > NC_002947/1901655‑1901942 | gACGCCCTTGATCTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGAc < 2:556100/150‑1 (MQ=255) gCCCTTGATCTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAg < 2:449425/150‑1 (MQ=255) gATCTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGTCCAGGcccag < 2:174556/150‑3 (MQ=255) cTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGTCCAGGcccagcag < 1:361472/150‑6 (MQ=255) aaCACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAg > 1:230629/1‑150 (MQ=255) tGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGt < 2:986517/150‑1 (MQ=255) gCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTa < 1:653057/150‑1 (MQ=255) ccACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAc > 1:1076807/1‑150 (MQ=255) ccACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCCCCGAGGGCGTAc > 2:512961/1‑150 (MQ=255) cACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTAcc > 1:1020702/1‑150 (MQ=255) ccagTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCg > 1:1282677/4‑150 (MQ=255) gCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCCGGGCCTGGTCCAGGcccagcag > 1:1164340/1‑117 (MQ=255) gCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCCGGGCCTGGTCCAGGcccagcag < 2:1164340/122‑6 (MQ=255) cACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGc < 2:1282677/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCgtttgttt < 1:730096/147‑1 (MQ=255) ggCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCgtttgttt > 2:730096/1‑147 (MQ=255) cacaCCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGc < 1:116650/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTACTTAAGTGCTTCCTATCTCTCGTTGG‑CTGGACCATGCCCACGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCt < 1:1250037/150‑1 (MQ=255) cGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCg < 2:1076807/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCACGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGAAGGCTTGCTGGCTTGGCCGtt > 2:913465/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGct < 2:882617/150‑2 (MQ=255) tGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGccc < 2:292801/150‑1 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGCCCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGcc > 1:377597/1‑150 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGc < 2:529860/77‑1 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGc > 1:529860/1‑77 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCgtttgttt > 2:756312/1‑115 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCgtttgttt < 1:756312/115‑1 (MQ=255) cGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGcc > 1:762896/1‑150 (MQ=255) agaagaGCGTCATTACCTTCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAgg > 1:44050/1‑59 (MQ=255) agaagaGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAgg < 2:44050/59‑1 (MQ=255) gTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCAc > 2:839926/1‑150 (MQ=255) tCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTg > 1:841466/1‑140 (MQ=255) tCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTg < 2:841466/140‑1 (MQ=255) tGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTAGACCAGGCCCGCCCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCgg < 2:243816/150‑1 (MQ=255) cAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGca > 2:1088682/1‑150 (MQ=255) aGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGcaca < 1:595668/150‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTc > 1:944123/1‑87 (MQ=255) ctgctgGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTc < 2:944123/87‑1 (MQ=255) 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GACGCCCTTGATCTGAACACTGCCACTGTAGAGCCTGTCCGCATGCCGACCGCCACCCTGTCCCGTCTGCTTGGCCTGCACACCTTGCCGGTTCCGGTGCTGGCCGAAGAAGAGCGTCATTACCTGCAAGGTTTC‑CTGCTGGGCCTGGACCAGGCCCGCGCCGAGGGCGTACCCCGCCTGCCGGCCAGTGCGCCGCTGGCTGCCAGCCGTCGTTTGTTTGTCGACGGCTTGCTGGCCGGGCTGTTCGCCCAGCCTGCAACTGCACCCATCGCGGCACAGGCCGCGCCA > NC_002947/1901655‑1901942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |