Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,222,161 | C→T | 7.0% | E167E (GAG→GAA) | PP_1961 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,222,161 | 0 | C | T | 7.0% | 162.7 / 2.6 | 57 | E167E (GAG→GAA) | PP_1961 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/22); new base T (2/2); total (33/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
CTTTCAAGGGCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGCTGTTAGCAGCATGGG > NC_002947/2222012‑2222309 | cTTTCAAGGGCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGccc < 1:787042/150‑1 (MQ=255) tttCAAGGGCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCct > 1:113392/1‑150 (MQ=255) aGGGCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCtt > 1:918982/1‑150 (MQ=255) gggCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCATCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTg > 2:1178511/1‑150 (MQ=255) cTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCTTCTCTTg < 2:562070/147‑1 (MQ=255) cTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCTTCTCTTg < 2:1207015/147‑1 (MQ=255) cTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCTTCTCTTg > 1:562070/1‑147 (MQ=255) cTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCTTCTCTTg > 1:1207015/1‑147 (MQ=255) cTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTgggg > 2:349029/1‑150 (MQ=255) atatGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTCAACAACACTCCGGCTTCTCTGCGTACCCCGACCAAGTTCGCCGTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGata < 1:349029/150‑1 (MQ=255) tGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCATCTAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATgg < 1:977583/150‑1 (MQ=255) cTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTggg > 1:1018662/1‑135 (MQ=255) cTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTggg < 2:1018662/135‑1 (MQ=255) cTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCt > 2:407555/1‑150 (MQ=255) tGAACAAGGGATTTCAGGGCGATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGc > 2:1025045/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCg > 1:282118/1‑150 (MQ=255) aGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGcc > 2:434419/1‑150 (MQ=255) gagCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCt > 2:1141959/3‑150 (MQ=255) cAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTggg < 1:445325/113‑1 (MQ=255) cAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTggg > 2:445325/1‑113 (MQ=255) aTCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGTCTAGCGTCGCAGGAGGAGCCTGGGCt > 1:583624/1‑150 (MQ=255) aTCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCt < 1:1271277/150‑1 (MQ=255) tcttGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTa < 2:113392/150‑1 (MQ=255) tcttGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTa < 2:133781/150‑1 (MQ=255) ttGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTTACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGc < 1:684191/146‑1 (MQ=255) ttGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTTACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGc > 2:684191/1‑146 (MQ=255) ttGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGGGGCGCGGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAgg > 1:1191377/1‑150 (MQ=255) cTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGCCTCCAGCAACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTaa < 1:79660/150‑1 (MQ=255) ttCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAAc < 2:918982/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTcc > 1:677225/1‑150 (MQ=255) aGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCa < 1:407555/150‑1 (MQ=255) tcCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTg < 2:1191377/150‑1 (MQ=255) aCTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGct > 2:1048206/1‑150 (MQ=255) tagtagCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCtt > 1:817834/1‑150 (MQ=255) agCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCtt > 1:1093657/1‑150 (MQ=255) gcTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAg > 1:1269822/1‑150 (MQ=255) aGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCa < 2:677225/150‑1 (MQ=255) tACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATg > 2:1203678/1‑150 (MQ=255) tACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATg < 2:1269822/150‑1 (MQ=255) tACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATg > 1:417761/1‑150 (MQ=255) gCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACt < 1:1025045/150‑1 (MQ=255) gTCTATCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGt > 2:1162022/1‑102 (MQ=255) gTCTATCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGt < 1:1162022/102‑1 (MQ=255) tAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGAt > 2:1056935/1‑150 (MQ=255) tAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGAt < 2:417761/150‑1 (MQ=255) aGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTCGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGc < 2:1040449/108‑1 (MQ=255) aGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTCGGGGTGGCCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGc > 1:1040449/1‑108 (MQ=255) cTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAg > 2:310031/1‑141 (MQ=255) cTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAg < 1:310031/141‑1 (MQ=255) ccTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGc > 1:895195/1‑150 (MQ=255) ccTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGc > 1:825096/1‑150 (MQ=255) ttttCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCa < 1:668590/82‑1 (MQ=255) ttttCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCa > 2:668590/1‑82 (MQ=255) ttttCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCt > 1:924211/1‑100 (MQ=255) ttttCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATAGGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCt < 2:924211/100‑1 (MQ=255) cccccTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGCTGTTag > 1:231451/1‑150 (MQ=255) ccccTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGCTGTTagc > 2:286242/1‑150 (MQ=255) cccTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACt > 2:503541/1‑114 (MQ=255) cccTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACt < 1:503541/114‑1 (MQ=255) ccTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGCTGTTAGCAGCATggg > 1:971839/1‑150 (MQ=255) | CTTTCAAGGGCTAGTTTGCATATGCTTTGAACAAGGGATTTCAGGGCAATCTCTTTCTTGTCTTCGAAGTCGTCCTCTGACTTAGTAGCGCTGAAGGCGGCTACGGCTTTTGATAAATCCACGTCTAGCTTGACCTTTTCCCCCTTGCCCTCTCTTGGGGTGGGCGATATGGCTAGCGTCGCAGCGTTAGCCTGGGCTTTCGCTAGGCTAACTTCCATGTTGGTCAGCTCTTGCTTTAGTTGCAGGTTATGGACTGTCTGCTTCTCAAGCGTGATGCGTAAGCTGTTAGCAGCATGGG > NC_002947/2222012‑2222309 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |