| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,243,821 | C→A | 8.1% | L266M (CTG→ATG) | PP_1979 → | hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,243,821 | 0 | C | A | 8.1% | 177.7 / 2.4 | 57 | L266M (CTG→ATG) | PP_1979 | hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/21); new base A (3/2); total (34/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
TGCCGATGATGCTCTCGTGCCCGCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCTCACGGGGGCTGGACATTGCC > NC_002947/2243679‑2243967 | tgcCGATGATGCTCTCGTGCCCGCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCg > 2:42995/1‑150 (MQ=255) gcCGATGATGCTCTCGTGCCCGCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCgg < 1:1190750/150‑1 (MQ=255) atgatgCTCTCGTGCCCGCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTg > 2:253669/1‑150 (MQ=255) gCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCggg > 1:88224/1‑150 (MQ=255) cAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCgggg < 1:253669/150‑1 (MQ=255) aGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGggc < 1:204257/150‑1 (MQ=255) gATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGggcg > 2:1044888/1‑150 (MQ=255) tGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGggcggc < 1:1184634/150‑1 (MQ=255) gCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCa > 1:699628/1‑150 (MQ=255) acaTGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGTGGCGGCTTCAGt > 2:169794/1‑150 (MQ=255) gttgcATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAAGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCTACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGGATTGATGGCTCGTGCTG‑AAGCGGG‑TTGTGTCGGGGCGGCTTCAGTca > 2:344260/5‑149 (MQ=255) tCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGa > 2:825762/1‑150 (MQ=255) ccACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACAt < 1:825762/150‑1 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTgg > 1:852646/1‑102 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTgg < 2:695171/102‑1 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTgg > 1:695171/1‑102 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCg < 2:88224/150‑1 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCg > 2:107922/1‑150 (MQ=255) acaAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGACTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTgg < 2:852646/102‑1 (MQ=255) tCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATc > 1:1065158/1‑150 (MQ=255) gACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGt > 2:1182709/1‑150 (MQ=255) aCAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGaa > 2:1226226/1‑130 (MQ=255) aCAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGaa < 1:1226226/130‑1 (MQ=255) aGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGTT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGCACATCGCTATCGCCGCCGGTGcc > 2:411267/1‑150 (MQ=255) ccGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCa < 2:905270/118‑1 (MQ=255) ccGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCa > 1:905270/1‑118 (MQ=255) ggCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGAGCCGCGTTGCCAGTAGTCCACCAT‑‑GGGCGGCATCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCGATcc > 1:151344/1‑150 (MQ=255) gATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTg > 1:27261/1‑76 (MQ=255) gATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTg < 2:27261/76‑1 (MQ=255) ggAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCAt > 2:756366/1‑135 (MQ=255) ggAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCAt < 1:756366/135‑1 (MQ=255) ggAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTg > 1:959663/1‑150 (MQ=255) gagGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTc > 2:193454/1‑150 (MQ=255) gtggtCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGgt > 2:46933/1‑137 (MQ=255) gtggtCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGgt < 1:46933/137‑1 (MQ=255) aCCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGTGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgc < 1:169794/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgccc > 2:340648/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGAT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCCCCGCCGGTGCCATCCGCCGAGGTGTCTGATTCCCGGGCAAgccc > 2:164263/1‑150 (MQ=255) ggCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAAc < 1:107922/150‑1 (MQ=255) gCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTAGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACg > 1:446814/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGcc > 1:1164379/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGATG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGAGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGcc > 2:1012312/1‑150 (MQ=255) gcgGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTc < 2:1065158/150‑1 (MQ=255) cgGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCa < 1:42995/150‑1 (MQ=255) tAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGGCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCt > 2:362750/1‑150 (MQ=255) aaGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCTCACggg > 1:524702/1‑150 (MQ=255) gTGCTCGAATTGATGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgc < 2:113342/112‑1 (MQ=255) gTGCTCGAATTGATGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgc < 2:113615/112‑1 (MQ=255) gTGCTCGAATTGATGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgc > 1:113615/1‑112 (MQ=255) gTGCTCGAATTGATGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAgc > 1:113342/1‑112 (MQ=255) tGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCTCACGGGGGCTgg < 2:1164379/150‑1 (MQ=255) cTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTAGGGGCGGCTTCAGTCGCGAAAATCGGTGTCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACGGCCTCAGGCTTACGGGGGCTGGAc > 2:478703/1‑150 (MQ=255) gAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATcgccgc > 1:616284/1‑68 (MQ=255) gAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATcgccgc < 2:616284/68‑1 (MQ=255) gAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTc > 1:43860/1‑90 (MQ=255) gAATTGCTGGATCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTc < 2:43860/90‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCTCACGGGGGCTGGACATTGcc < 2:699628/150‑1 (MQ=255) | TGCCGATGATGCTCTCGTGCCCGCAGATGAGGCACATGTCATCCACAAGTCCTGGTTCGACAGCCGGCTGATGCTGCTGGAAGAGGGTGGTCACCAGCGAGTGCTGGCCGACCCGCGGCTAAGTGAAGCCGTGCTCGAATTGCTGGCTCGGGCTG‑AAGCGGT‑TAGTGTCGGGGCGGCTTCAGTCGCGAACATCGGTATCGCCGCCGGTGCCATCCGCCGCGGTGTCTGATTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTATAACGACTGCCTCAGGCTCACGGGGGCTGGACATTGCC > NC_002947/2243679‑2243967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |