Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,250,031 | A→T | 9.5% | L184Q (CTG→CAG) | PP_1984 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,250,031 | 0 | A | T | 9.5% | 122.9 / 5.4 | 42 | L184Q (CTG→CAG) | PP_1984 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/18); new base T (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 |
CACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGAATCTCG > NC_002947/2249886‑2250180 | cacCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCt > 2:321660/1‑150 (MQ=255) cacCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCt > 1:25807/1‑150 (MQ=255) catcatCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGAc > 2:352387/1‑150 (MQ=255) 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aGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATACAAAATcgcg > 2:161915/1‑150 (MQ=255) | CACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGACTGGTTGTTGGCCAGCGGGTGCTCGGGGGCGGCGACGAAGTCCAGGGCGTCGTCCCACACCGGCACGGCCTTGACCAAATGGTGCGGCTCGGGCGCCAGGGTGATAACGGCGATTTCGGCGCGGCCATGCAGAATCTCG > NC_002947/2249886‑2250180 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |