Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,326,466 | C→A | 9.9% | R294M (AGG→ATG) | PP_2045 ← | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,326,466 | 0 | C | A | 9.9% | 118.3 / 2.2 | 40 | R294M (AGG→ATG) | PP_2045 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base A (2/2); total (21/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
GGGCGAACACCACCTCGGCCTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACAGTGGCATTGGC > NC_002947/2326317‑2326614 | gggCGAACACCACCTCGGCCTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGccc > 2:514028/1‑150 (MQ=255) caccacCTCGGCCTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAgcgc > 1:196593/1‑150 (MQ=255) ccaccTCGGCCTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCATGAGCGCCg > 2:919305/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCAACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCATGAGCGCCGGGaaataaa > 2:174071/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGaaataaat < 2:525457/150‑1 (MQ=255) gcgccgcAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTc < 2:5309/149‑1 (MQ=255) cGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCAttt > 1:178319/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTc > 1:253335/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGc < 2:253335/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACAAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGcc > 1:853403/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGccc > 1:143015/1‑150 (MQ=255) cAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCgg < 1:885557/150‑1 (MQ=255) gggCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATACATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCt < 1:1225908/150‑1 (MQ=255) ccACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGaa > 1:1066274/1‑150 (MQ=255) ccACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGaa > 1:444915/1‑150 (MQ=255) cacaCTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAAc < 2:147710/150‑1 (MQ=255) cacTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAActc < 2:1066274/150‑1 (MQ=255) tttCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAActccac < 2:196593/150‑1 (MQ=255) 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gTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCt > 1:277939/1‑150 (MQ=255) tgcACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCg > 2:59818/1‑150 (MQ=255) gcACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGa < 1:1086561/150‑1 (MQ=255) cacaTGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAg < 1:514028/150‑1 (MQ=255) acaTGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGc < 1:432748/90‑1 (MQ=255) acaTGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGc > 2:432748/1‑90 (MQ=255) ggCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTTGCTGATTTCAAGCGTCGGCTCTATGAGGCt > 2:67161/1‑150 (MQ=255) ggCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCt < 1:59818/150‑1 (MQ=255) aTGCACAGTGCCATGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACa < 1:919305/150‑1 (MQ=255) gCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGa > 2:1027105/1‑137 (MQ=255) gCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGa < 1:1027105/137‑1 (MQ=255) cacaGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACAGTg < 1:629046/150‑1 (MQ=255) tgTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGTGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACAGTGGCa > 2:308668/2‑150 (MQ=255) tGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGCCAGAGGCAtt > 2:139137/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACAGTGGCATTGGc > 1:711884/1‑150 (MQ=255) | GGGCGAACACCACCTCGGCCTGCTCGCCGTAGCGCACCAGCGATTGGTCCAGGTAATGGGCCCACACTTTCGGATCGCGCACCAGGGCCCCGCGCAGCGTCAGTACGTTGTGCTGCACATGGGTGGCGTTCTCGGCCATGCACAGTGCCCTGAGCGCCGGGAAATAAATGTTCATTTCCGCCGGCGCCTCGGTGCCCGGGGTCAGCTGGAACTCCACCTCCACGCCGCTCAGGGTCATGCGTTGCAGCGGTTGGCTGATTTCGAGCGTCGGCGCGATGAGGCTGACAGTGGCATTGGC > NC_002947/2326317‑2326614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |