Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,335,490 | T→C | 14.0% | E337G (GAG→GGG) | PP_2052 ← | bifunctional sugar‑phosphatase/mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,335,490 | 0 | T | C | 14.0% | 97.9 / 8.1 | 43 | E337G (GAG→GGG) | PP_2052 | bifunctional sugar‑phosphatase/mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/16); new base C (4/2); total (25/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 |
GACAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGAAGGCGCTGA > NC_002947/2335343‑2335637 | gACAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCg > 2:1175481/1‑150 (MQ=255) aCAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCgg < 1:125697/150‑1 (MQ=255) cAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCggg < 1:1175481/150‑1 (MQ=255) cAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCggg > 2:699184/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAgg < 2:112932/150‑1 (MQ=255) acaTGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCg > 1:856551/1‑150 (MQ=255) acaTGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCg > 2:807259/1‑150 (MQ=255) gcACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCgg < 2:856551/150‑1 (MQ=255) cGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGGAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCTGGCAGGCTCAGTCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGc < 1:1226964/150‑1 (MQ=255) cAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCtga < 1:1116587/150‑1 (MQ=255) aaCCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCtgat < 1:807259/150‑1 (MQ=255) aaCCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCtgat > 1:869080/1‑150 (MQ=255) cTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCCCGAGCAGGccatc > 1:316825/1‑110 (MQ=255) cTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCCCGAGCAGGccatc < 2:316825/114‑5 (MQ=255) aCGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCCCGAGCAGGccat > 2:180470/1‑100 (MQ=255) aCGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCCCGAGCAGGccat < 1:180470/103‑4 (MQ=255) gATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGcgtcgtcgtc > 1:664406/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTTATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGa > 2:909243/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGAt < 2:664406/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATg > 1:633023/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACg > 1:878043/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGt > 1:912254/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGAtggtctggtc > 2:244761/1‑150 (MQ=255) cagcagGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGaa < 1:699184/150‑1 (MQ=255) agcagGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACAt < 2:145343/86‑1 (MQ=255) agcagGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACAt > 1:145343/1‑86 (MQ=255) ccTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGtt < 2:878043/150‑2 (MQ=255) tCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAgc > 1:101899/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAgcgc > 1:279555/1‑150 (MQ=255) gccgttcctggcTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCa > 1:685647/7‑150 (MQ=255) cccTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCgacagcag > 2:1228529/1‑143 (MQ=255) cccTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCa > 2:836749/1‑150 (MQ=255) ggcctggcTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCt < 2:101899/150‑1 (MQ=255) ctggcTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTa > 2:1225649/1‑150 (MQ=255) ggcTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGc < 2:912254/150‑1 (MQ=255) ttCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGc > 2:839006/1‑150 (MQ=255) cctgcgCCTGCCCGTGCGGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGa > 2:921901/6‑150 (MQ=255) cctgagCCTGCCCGAGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGa > 1:657192/6‑150 (MQ=255) ccTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGAAGgcgc > 2:431311/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTc > 1:563911/1‑93 (MQ=255) cTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTc < 2:563911/93‑1 (MQ=255) cTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGAAGGCGCt < 1:839006/150‑1 (MQ=255) gCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGAAGGCGCTGa < 1:1207208/150‑1 (MQ=255) | GACAACTCGGCTTGCACATGACGCCGCACGAACGCTGCACCGCCAACCTTGTTCAGCACGATCAGCAGGGTCAGCTCGCGGCCTCGGCGCTCGAAGCGTTGCAGCAGGCCTTGGGCGATCACCCTGGCCTGGCTTCTGATGGCCTGCTCGGGCAGGCTCAGGCCGATGATTTCGGCAGTGGTGTACATGCTGATGACCGCGTCGTCGTCGTCCATGTCGATCATGCGCACGTTGTCGATGGTCTGGTCGAACGACGTGGCACCGTAGCGCACGCTGTAGCGGCCGAAGGCGCTGA > NC_002947/2335343‑2335637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |