Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,347,665 | G→C | 12.3% | S308T (AGC→ACC) | PP_2064 → | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,347,665 | 0 | G | C | 12.3% | 130.0 / 11.5 | 49 | S308T (AGC→ACC) | PP_2064 | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/15); new base C (2/4); total (30/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-01 |
CCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGG > NC_002947/2347523‑2347814 | ccGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTg < 2:30970/150‑1 (MQ=255) ccGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTg < 1:1181215/150‑1 (MQ=255) gtatgtatGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAgg > 2:464312/1‑150 (MQ=255) ggATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAg > 1:1177824/1‑142 (MQ=255) ggATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAg < 2:1177824/142‑1 (MQ=255) tgctgcGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAggg > 2:678890/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCgg > 2:1095745/1‑150 (MQ=255) ccGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGaa < 1:464312/150‑1 (MQ=255) gTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTATCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAAt > 2:876112/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGATCACCTACACCGACTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAcc < 2:297415/150‑1 (MQ=255) tCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGGAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTgtgg < 2:118429/150‑1 (MQ=255) aCCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAATCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTgtggtg < 2:627615/150‑1 (MQ=255) aCCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTgtggtg > 2:416163/1‑150 (MQ=255) cTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTggtggt > 2:1259675/1‑150 (MQ=255) 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cagcaTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTg < 1:158179/150‑1 (MQ=255) caTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGgcg > 1:945905/1‑150 (MQ=255) aTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGgcgc < 1:1095745/150‑1 (MQ=255) ctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGc > 2:515673/3‑73 (MQ=37) ctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGc < 1:515673/71‑1 (MQ=37) ggCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGCGTGGAAATCACCTCCGCCCTGACGCCCGGTGACCGTGAGGTGGTTTCCGGCCCGCAGAGACTGAGTGATGGCATGCAGGTAGATCCCGTGGCTCat > 2:596275/1‑149 (MQ=255) aCCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTgg > 1:847484/1‑142 (MQ=255) aCCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTgg < 2:847484/142‑1 (MQ=255) aGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAg < 2:1170329/150‑1 (MQ=255) gCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAgg < 2:1027447/150‑1 (MQ=255) | CCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGG > NC_002947/2347523‑2347814 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |