Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,428,343 | G→A | 7.4% | L75L (CTG→CTA) | PP_2128 → | CheV‑like chemotaxis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,428,343 | 0 | G | A | 7.4% | 153.2 / 2.7 | 54 | L75L (CTG→CTA) | PP_2128 | CheV‑like chemotaxis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/22); new base A (2/2); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
CTGGCCGGTCGCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATGCCGCCGCCTTC > NC_002947/2428197‑2428492 | cTGGCCGGTCGCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGt < 2:86879/148‑1 (MQ=255) cTGGCCGGTCGCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGt > 1:86879/1‑148 (MQ=255) cTGGCCGGTCGCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTcc > 1:1177181/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCg > 1:1095152/1‑150 (MQ=255) aGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTATCCCAGGCGATCGGTa > 2:1255956/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCAGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTAt > 1:1278214/1‑150 (MQ=255) tGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATgc < 2:339433/150‑1 (MQ=255) ttCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATgcgc > 1:403029/1‑150 (MQ=255) tCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGcc < 2:403029/150‑1 (MQ=255) aaCGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAg > 1:114012/1‑150 (MQ=255) aCGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTa < 2:124402/146‑1 (MQ=255) aCGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTa > 1:124402/1‑146 (MQ=255) aCGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGc > 1:1124450/1‑150 (MQ=255) gtTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCggg > 1:1268467/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCCACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCgggg < 2:1278214/150‑1 (MQ=255) cTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGTTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCatcatc < 1:875381/150‑1 (MQ=255) tGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCatcatc > 2:537440/1‑149 (MQ=255) tGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCatcatc < 1:537440/149‑1 (MQ=255) tGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCg > 1:268094/1‑150 (MQ=255) tGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCAACGCCTATGTCTGCGGCGTGGTCAACCTGCACGGGCAGACCCTGCCGGTGAGCGATCTGTGCCAGGCGATCGGTATGCGCACGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCg > 2:145624/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGTTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCgg > 2:1003519/1‑126 (MQ=255) aaCTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGTTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCgg < 1:1003519/126‑1 (MQ=255) gCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGa > 2:728659/1‑150 (MQ=255) aaGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCCAGCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATAc > 1:873446/1‑150 (MQ=255) gACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCggg > 1:72784/1‑114 (MQ=255) gACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCggg < 2:72784/114‑1 (MQ=255) ccTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTATCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCAAAGCCTTCGATGACAACCGCTc > 2:874154/1‑150 (MQ=255) gATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTATCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGt < 1:1255956/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGc > 1:308395/1‑150 (MQ=255) gCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTa > 1:983787/1‑150 (MQ=255) tATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGc < 2:1177181/150‑1 (MQ=255) aTGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCg < 2:1095152/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTc < 2:1268467/150‑1 (MQ=255) cAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCAAAGTCGCGTAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCACATCGt < 2:114012/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTcc < 1:1128949/124‑1 (MQ=255) aaCCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTcc > 2:1128949/1‑124 (MQ=255) tGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTATCCCAGGCGATCGGTCTGCGACCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATATAATCGCGTGTTGCAGGCCTTCCTGGTAGGAGGTGTCGACCGCATCGTCAACa < 1:874154/150‑1 (MQ=255) gggCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAAc > 1:354307/1‑150 (MQ=255) gCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACAt > 1:856391/1‑144 (MQ=255) gCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACAt < 2:856391/144‑1 (MQ=255) gACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGa < 2:354307/150‑1 (MQ=255) cccTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGt > 2:57700/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGa > 2:761980/1‑150 (MQ=255) ggTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTg > 1:103722/1‑138 (MQ=255) ggTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTg < 2:103722/138‑1 (MQ=255) tGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATgc < 2:873446/150‑1 (MQ=255) gATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTg < 1:743571/135‑1 (MQ=255) gATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTg > 2:743571/1‑135 (MQ=255) cGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATgcc > 1:1020825/1‑147 (MQ=255) cGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATgcc < 2:1020825/147‑1 (MQ=255) aCCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCatcatc < 2:720640/59‑1 (MQ=255) aCCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCatcatc > 1:720640/1‑59 (MQ=255) aCCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAg < 2:356328/86‑1 (MQ=255) aCCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAg > 1:356328/1‑86 (MQ=255) gTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCAGCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATGCCGCCGCCTTc < 2:257934/150‑1 (MQ=255) | CTGGCCGGTCGCCAGCTGTTCGCGATCAACGTGTTCAAGGTGCAGGAAGTACTGCAACTGCCCAAGCTGACCCTGATGCCCCAGCGCCACGCCTATGTCTGCGGTGTGGTCAACCTGCGCGGGCAGACCCTGCCGGTGATCGACCTGTCCCAGGCGATCGGTATGCGCCCGCTACAGCCGGGGCCGGACAGCACCATCATCGTCACCGAATACAACCGCTCGGTGCAGGCCTTCCTGGTAGGCGGTGTCGACCGCATCGTCAACATGAACTGGGAGTCGATCATGCCGCCGCCTTC > NC_002947/2428197‑2428492 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |