Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,481,319 | A→C | 7.4% | L24R (CTG→CGG) | PP_2175 ← | 3‑oxoacyl‑ACP reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,481,319 | 0 | A | C | 7.4% | 143.6 / 3.0 | 54 | L24R (CTG→CGG) | PP_2175 | 3‑oxoacyl‑ACP reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/25); new base C (2/2); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CCCACTTTTCCACCACGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGAGGGAGACAG > NC_002947/2481170‑2481465 | cccACTTTTCCACCACGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCCGCAGCCAGTGGTTCGCCCTTCCCCGAGGAGAACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCa > 1:631660/1‑150 (MQ=255) accacGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgcc > 2:818301/1‑150 (MQ=255) ccacGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgccg > 1:226523/1‑150 (MQ=255) cacGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgccgc < 2:703787/150‑1 (MQ=255) gCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgccgctgcc < 2:100711/150‑1 (MQ=255) tCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGGCAGCGGCACGGCGCCTggccgctgacggg < 2:515544/150‑6 (MQ=255) aCCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGccc < 1:462322/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATAc < 2:156587/150‑1 (MQ=255) tttCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGACCTTGGCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACt < 2:944812/150‑1 (MQ=255) cTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACctgc > 2:197859/1‑150 (MQ=255) cAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACctgctg < 1:197859/150‑1 (MQ=255) aaCCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACAAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑TCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCTCATa < 2:59844/133‑1 (MQ=255) aaCCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACAAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑TCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCTCATa > 1:59844/1‑133 (MQ=255) cGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGtgat > 2:102363/1‑150 (MQ=255) cGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGATGtgat < 1:95228/150‑1 (MQ=255) cTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTgatgat < 1:818301/150‑1 (MQ=255) tGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATc < 2:833831/150‑1 (MQ=255) cccGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCtgt < 2:123365/134‑1 (MQ=255) cccGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCtgt > 1:123365/1‑134 (MQ=255) cccGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATc > 1:1250729/1‑141 (MQ=255) cccGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATc < 2:1250729/141‑1 (MQ=255) cGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTc > 2:546427/1‑150 (MQ=255) ttACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTa < 2:631660/150‑1 (MQ=255) gCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGa > 2:927133/1‑150 (MQ=255) accaccAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACAtgct < 1:641275/150‑1 (MQ=255) caccaAGCTCGGCAGCCAGTGCTTTGCCCTTGTATGAATCAAATA‑GATGACTTACCTTTAATCGTTCAGCGGCTGCGCGCCTTTTTGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACAtgctgc > 2:337578/1‑150 (MQ=255) caccaAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACAtgctgc > 1:478830/1‑150 (MQ=255) accaAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGcc > 1:936420/1‑150 (MQ=255) aGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCg < 1:102363/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCgg > 1:50658/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgcc < 2:1270511/78‑1 (MQ=255) tCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGtgcc > 1:1270511/1‑78 (MQ=255) cAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGtt < 2:226523/150‑1 (MQ=255) cAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGtt < 1:425425/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCACGGCGCCTggccgctgacgg > 1:1135334/1‑76 (MQ=25) gCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCACGGCGCCTggccgctgacgg < 2:1135334/80‑2 (MQ=25) gTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGc > 2:775982/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGaa < 1:775982/150‑1 (MQ=255) ccGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCAGTGCCACCTGCTGTGATGATCGGAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGgcgc > 1:1053799/1‑150 (MQ=255) ccGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGgcgc > 2:175942/1‑150 (MQ=255) ccGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGgcgc > 2:772038/1‑150 (MQ=255) gaCAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTaaaa < 2:255616/149‑1 (MQ=255) gaCAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTaaaa > 1:255616/1‑149 (MQ=255) aGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGGTATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTag > 1:291298/1‑150 (MQ=255) gATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTagca < 1:546427/150‑1 (MQ=255) g‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAgcagca < 2:478830/150‑1 (MQ=255) ccGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTACCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGAGATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGcagcag > 1:852534/1‑150 (MQ=255) ttGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTgg > 1:1252909/1‑150 (MQ=255) ttGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTgg < 1:772038/150‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTcc < 2:61816/94‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTcc > 1:61816/1‑94 (MQ=255) gcggcAGCGGCACGGCGCCTGGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGa > 2:531092/5‑150 (MQ=255) tCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGAggg < 2:936420/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGAGGGAGAc > 1:621471/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGAGGGAGACAg > 1:1118186/1‑150 (MQ=255) | CCCACTTTTCCACCACGGCATCGACCAGGCGTTTCAGGTCCTCAACCGACTGGTTGCTACCCGTTACGCCAATACCACCAAGCTCGGCAGCCAGTGCTTCGCCCTTGCCCGAGGAGGACAGGATG‑CCGACCTTGAACCCGTCAGCGGCCAGGCGCCGTGCCGCTGCCGCGCCCATACCACTGCCACCTGCTGTGATGATCGCAACCTTTTCTACTGACATGCTGCCTCCGGAACGTTAATCGCTGAATGCTTAGGCGCACTAAAATTAGCAGCAGTCGTGGCAGCGAGGGAGACAG > NC_002947/2481170‑2481465 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |