| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,718,585 | G→C | 6.6% | L254L (CTG→CTC) | PP_2377 → | acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,718,585 | 0 | G | C | 6.6% | 188.4 / 3.4 | 60 | L254L (CTG→CTC) | PP_2377 | acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/30); new base C (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACATTTGCCCTGTGCGTGCCGTC > NC_002947/2718438‑2718731 | gCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGtt > 2:517149/1‑150 (MQ=255)gCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGtt > 1:199612/1‑150 (MQ=255) tCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAgg < 2:1141947/150‑1 (MQ=255) gccGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGTCGATGCTGGGTATGTCGGGCGCGGCGATCTACTGTCTGGACGCTACCGGGTTCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGTGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAgg < 1:1049211/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGGGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATAGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTCTTCCAggg > 2:742488/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGAGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTCTTCCAggg > 2:742393/1‑150 (MQ=255) cGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGc > 1:397265/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAg < 1:1264664/150‑1 (MQ=255) gTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAACGCCCTTGGCGa < 2:613882/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGAc < 2:155884/150‑1 (MQ=255) tGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTg < 1:76659/141‑1 (MQ=255) tGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTg > 2:76659/1‑141 (MQ=255) tGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGtt < 2:1231895/150‑1 (MQ=255) gggTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCCGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTc < 2:464302/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGCGCAATCGGCTGCTCAAGGACCTTGGTGACTGTTct > 2:1036517/1‑149 (MQ=255) tgGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACt > 2:628877/1‑150 (MQ=255) cGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGCGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCgg < 1:1036517/150‑1 (MQ=255) aTGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAgg < 2:951096/121‑1 (MQ=255) aTGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAgg > 1:951096/1‑121 (MQ=255) tGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTAcc < 2:199612/150‑1 (MQ=255) aCTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACAtg < 1:418466/150‑1 (MQ=255) gACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATgtgctggtg > 2:492609/1‑150 (MQ=255) ttCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGt < 1:16502/149‑1 (MQ=255) ttCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGt > 2:16502/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGa > 1:643397/1‑105 (MQ=255) ccAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGa < 2:643397/105‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGgc < 1:217391/85‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGgc > 2:217391/1‑85 (MQ=255) gcgcTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCgg > 1:763753/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCggttgg < 2:763753/150‑1 (MQ=255) tgcACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATgtgct < 1:117264/127‑1 (MQ=255) tgcACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATgtgct > 2:117264/1‑127 (MQ=255) tgcACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCg > 2:382751/1‑150 (MQ=255) tGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGa > 2:855104/1‑112 (MQ=255) tGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGa < 1:855104/112‑1 (MQ=255) gggggTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTc > 2:287613/1‑150 (MQ=255) gggTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAg < 1:517149/150‑1 (MQ=255) ggTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAgc < 1:293760/150‑1 (MQ=255) ttACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAgcgc < 2:543823/150‑1 (MQ=255) tGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGc < 1:105661/120‑1 (MQ=255) tGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGc > 2:105661/1‑120 (MQ=255) tgatCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAAcc < 1:382751/150‑1 (MQ=255) atCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCg > 2:305073/1‑150 (MQ=255) tCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCggttg > 1:1030575/1‑118 (MQ=255) tCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCggttg < 2:1030575/118‑1 (MQ=255) gTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCAGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTc < 2:740551/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGt < 2:713508/125‑1 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGt > 1:713508/1‑125 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCTCCTGCATCTGAACCCGTTc > 2:99670/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCTCCTGCATCTGAACCCGTTc < 1:99670/149‑1 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTcc > 1:1102239/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGCTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTcc < 1:1040907/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTCTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGa < 1:742393/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTCTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGa < 1:742488/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACAtt > 2:149696/1‑150 (MQ=255) gCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTcc > 2:219140/1‑136 (MQ=255) gCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTcc < 1:219140/136‑1 (MQ=255) cGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACATTTGCCCTGTGCGTGCCGt < 1:983102/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACATTTGCCCTGTGCGTGCCGTc > 1:546556/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTAACTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGTCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACATTTGCCCTGTGCGTGCCGTc > 2:1032994/1‑150 (MQ=255) | GCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTGGTGCTGTATGCCGGTTGGTTCGCCAGTCAGCGCCTGCATCTGAACCCGTTCCTGACATTTGCCCTGTGCGTGCCGTC > NC_002947/2718438‑2718731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |