Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,795,869 | C→G | 6.5% | L154L (CTG→CTC) | puuB ← | gamma‑glutamylputrescine oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,795,869 | 0 | C | G | 6.5% | 167.2 / 2.1 | 55 | L154L (CTG→CTC) | puuB | gamma‑glutamylputrescine oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/26); new base G (2/2); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGATGCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATGCGCCCGCC > NC_002947/2795724‑2796018 | tgatgCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAg > 2:436194/1‑148 (MQ=255) tgatgCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAg < 1:436194/148‑1 (MQ=255) cACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTAt > 1:1170824/1‑150 (MQ=255) aCCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATg < 2:1170824/150‑1 (MQ=255) cccAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATgg < 2:28665/150‑1 (MQ=255) gcgGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCcac > 2:1073134/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGGGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCcaca < 2:672127/149‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAg < 2:717847/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAg < 2:738843/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGACCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGACGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAg > 2:1280296/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTGGAGCTGAtgga < 2:566750/130‑4 (MQ=255) gCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTGGAGCTGAtgga > 1:566750/1‑127 (MQ=255) cTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATg > 1:953406/1‑127 (MQ=255) cTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATg < 2:953406/127‑1 (MQ=255) ttCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTGGAGCTGAtg < 2:478059/123‑2 (MQ=255) ttCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTGGAGCTGAtg > 1:478059/1‑122 (MQ=255) ttCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGCTCTTTGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCtt > 1:1265800/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGc > 2:469040/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCttt < 2:142228/146‑1 (MQ=255) ccAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCttt > 1:142228/1‑146 (MQ=255) gCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGccaa > 2:353809/1‑148 (MQ=255) gCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCa > 1:736049/1‑150 (MQ=255) ggttGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGACGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATc < 2:1174480/147‑1 (MQ=255) ggTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGTGATTTTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCt < 2:1265800/150‑1 (MQ=255) ggATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCtgct < 2:736049/150‑1 (MQ=255) gacgtgCCCGCCGGGCATGTCGTGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGTAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTTCATCAGCTCCCGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCtgctt < 2:593243/147‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGtt > 1:577649/1‑105 (MQ=255) ggCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGtt < 2:577649/105‑1 (MQ=255) cgccggTCTTGTCGGGCATGCCGCCGATGTAGGTGTCGGAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTaa < 2:177404/150‑1 (MQ=255) ccgcTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGACGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAgg < 1:1280296/150‑1 (MQ=255) tCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAg > 2:217132/1‑150 (MQ=255) cATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGc < 1:1073134/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGaa < 2:621048/150‑1 (MQ=255) tCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAAt > 1:1183891/1‑150 (MQ=255) gAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATTCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATAc > 1:804569/1‑150 (MQ=255) gCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGc > 1:1149303/1‑150 (MQ=255) tGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCa < 2:1183891/150‑1 (MQ=255) gCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTTAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTg > 1:1175095/1‑150 (MQ=255) gCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTg > 2:261698/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGc < 1:883307/55‑1 (MQ=255) cAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGc > 2:883307/1‑55 (MQ=255) cACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGTATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTa < 1:469040/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACtt > 1:1204424/1‑150 (MQ=255) ggATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCa > 1:1154346/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCAc > 2:893127/1‑150 (MQ=255) gcTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGtt > 2:677419/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCAc < 2:1204424/150‑1 (MQ=255) tGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGa > 1:687998/1‑150 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGaa > 2:29880/1‑149 (MQ=255) gTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGaa < 1:29880/149‑1 (MQ=255) ccATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAatga < 1:261698/150‑1 (MQ=255) ccATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAatga < 1:893127/150‑1 (MQ=255) cATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAatgat < 2:862400/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAatgatg < 1:353809/150‑1 (MQ=255) tCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATgc > 1:227989/1‑150 (MQ=255) cAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATGcgcccgcc > 2:747354/1‑150 (MQ=255) | TGATGCCACCCAGCGACTCGACCGCGGCAGCTTCACCCAGGGCCAGGTTCAGCGGGTGGATGTGGCCGCCGCTCATGTCGAGCATGCCGCCGATGTAGCTGTCGCAGGCAACCACTTCGCGGATGCGCTTCTGGTCCATCAGCTCCAGCTGATTATGGCCAAAGCGTTCCCACAGGCGCTTTTGCGATTCCAGATGGCCCATCTGCTTGCTGGTAAGGGCAGCGAATACGCCACCATCTTTCAGGTCGCACTGAATGTTGTACTTGGCCACGCGTTCACGAATGATGCGCCCGCC > NC_002947/2795724‑2796018 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |