| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,076,140 | C→T | 7.0% | intergenic (‑45/+29) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,076,140 | 0 | C | T | 7.0% | 166.5 / 2.9 | 57 | intergenic (‑45/+29) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/24); new base T (2/2); total (31/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
ACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGT > NC_002947/3075996‑3076281 | acTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc > 2:266212/1‑150 (MQ=255)acTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc < 1:394591/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCaa < 2:1221630/150‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCaa < 2:605240/150‑1 (MQ=255) gTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGAc < 1:266212/150‑1 (MQ=255) aCGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGt < 1:455098/150‑1 (MQ=255) gTGGAGTGCGGGTGGATGCAGGCATTAGTGCGTAAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCCTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCCCGGCAAGACCGGTCt < 2:588296/150‑1 (MQ=255) cGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGt < 1:964539/150‑1 (MQ=255) ggCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGc > 2:550065/1‑150 (MQ=255) 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gCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCAt > 2:241453/1‑143 (MQ=255) ccggTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCgg > 1:1283305/4‑150 (MQ=255) cccGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCgg > 1:1238728/1‑150 (MQ=255) gTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGcgccgccgccgc > 1:1241975/1‑150 (MQ=255) gTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGcgccgccgccgc > 2:1251838/1‑150 (MQ=255) gTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTACATCGATTCGGcgccgccgccgc > 1:243711/1‑150 (MQ=255) gCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTc < 1:1164477/129‑1 (MQ=255) gCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTc > 2:1164477/1‑129 (MQ=255) cacaGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGccc < 2:924383/150‑1 (MQ=255) cacaGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGccc < 2:1283305/150‑1 (MQ=255) acaGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGcgccgccgccgc < 1:190322/138‑1 (MQ=255) acaGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGcgccgccgccgc > 2:190322/1‑138 (MQ=255) acaGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGcccc > 2:910735/1‑150 (MQ=255) aGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTg > 2:408331/1‑150 (MQ=255) aGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTg > 2:382429/1‑150 (MQ=255) tAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTc < 1:638418/83‑1 (MQ=255) tAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTc > 2:638418/1‑83 (MQ=255) tAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGAc > 2:608647/1‑150 (MQ=255) aTGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGggca < 2:942721/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGGCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGggca > 2:1189394/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGggcag < 1:608647/150‑1 (MQ=255) cccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAg < 2:672320/150‑1 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCTCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGa > 2:616412/1‑101 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCTCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGa < 1:616412/101‑1 (MQ=255) ttGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTa > 1:1285747/1‑150 (MQ=255) tgtTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTACATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTc < 2:243711/150‑1 (MQ=255) tGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAg < 1:408331/150‑1 (MQ=255) gtgGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCgcggc > 1:443737/1‑108 (MQ=255) gtgGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCgcggc < 2:443737/108‑1 (MQ=255) cggTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCa > 2:739213/2‑150 (MQ=255) ggTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAg > 1:98443/1‑150 (MQ=255) tCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCg > 1:513997/1‑114 (MQ=255) tCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCg < 2:513997/114‑1 (MQ=255) gCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAg > 2:711705/1‑150 (MQ=255) ccGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAgg > 1:501406/1‑150 (MQ=255) cGCACTCGCGCGGCAAGACCGGGCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGt > 2:341196/1‑150 (MQ=255) | ACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGT > NC_002947/3075996‑3076281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |