Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,101,122 | T→C | 8.3% | V127A (GTC→GCC) | PP_2710 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,101,122 | 0 | T | C | 8.3% | 134.0 / 2.9 | 48 | V127A (GTC→GCC) | PP_2710 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/22); new base C (2/2); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 |
GAGGAGGAATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAGCACATG > NC_002947/3100974‑3101270 | gaggagGAATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTc < 2:864662/150‑1 (MQ=255) ggaggaATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCgg > 2:880756/1‑150 (MQ=255) gaggaATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCggg < 1:972094/150‑1 (MQ=255) gaggaATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCggg < 2:239173/150‑1 (MQ=255) ggCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGACCGGgttgccacgg < 2:856443/150‑7 (MQ=255) cACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGAGTCAGACTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATg < 1:391433/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTc > 2:499977/1‑150 (MQ=255) aaCGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGc < 1:499977/150‑1 (MQ=255) gACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCAcc > 2:721403/1‑150 (MQ=255) cATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAg < 1:97098/150‑1 (MQ=255) aTCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAg > 2:869571/1‑142 (MQ=255) aTCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAg < 1:869571/142‑1 (MQ=255) tGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAggcg > 2:806190/1‑150 (MQ=255) tGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAggcg > 1:1170310/1‑150 (MQ=255) ggCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTgg < 2:64857/134‑1 (MQ=255) ggCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTgg > 1:64857/1‑134 (MQ=255) tGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTa > 1:1199413/1‑150 (MQ=255) cgcgATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATc < 1:880756/150‑1 (MQ=255) tGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGaa > 2:1143042/1‑150 (MQ=255) tGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGccc > 2:65457/1‑150 (MQ=255) aaTCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCcctgc < 1:806190/150‑1 (MQ=255) aaTCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCcctgc < 1:65457/150‑1 (MQ=255) aTCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCcctgcc > 2:721988/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCa < 1:275406/150‑1 (MQ=255) gAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGaa > 1:830051/1‑128 (MQ=255) gAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGaa < 2:830051/128‑1 (MQ=255) gCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCAAGGCGGCGGGCGTTATACAGAACACATGGGCCCTGCCTGACCAGGc < 1:353614/150‑1 (MQ=255) gATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGtt > 1:568384/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTAAACGTGCTCGTGGGTATCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCa < 1:156221/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGCACACATTGGCCCGGCCTGACCAGGCGTTCAg > 1:706865/1‑150 (MQ=255) cTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGc > 1:144878/1‑150 (MQ=255) aCCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACg > 1:467789/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACgg > 2:577862/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTgcgc > 1:308249/1‑150 (MQ=255) cccGGGTCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGATCAACGTGCTCACACCCTCCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGTCGGGCGTTATCCAGAACACATTAGCCATGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCg > 1:358116/1‑150 (MQ=255) gTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATCGGCCCTTCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGAcc > 1:78313/1‑150 (MQ=255) gaacAACCCGACCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCa > 1:896730/4‑150 (MQ=255) ggCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAg < 1:577862/150‑1 (MQ=255) ggCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAg < 2:308249/150‑1 (MQ=255) aacAACCCGACCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTgg < 1:1148211/59‑1 (MQ=255) aacAACCCGACCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTgg > 2:1148211/3‑61 (MQ=38) cAACCCGGTCGGGTTGTTTGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGa < 2:1196860/150‑1 (MQ=255) cAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGa < 2:1199413/150‑1 (MQ=255) aaCCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAg > 2:336123/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAg > 1:888289/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTAGCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAg < 2:144878/150‑1 (MQ=255) gTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAGCACATg < 1:336123/150‑1 (MQ=255) gTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAGCACATg < 1:1143042/150‑1 (MQ=255) | GAGGAGGAATACGGCCACGAGCAGTGGATCCTCAACGACATCAGAGCGTGCGGCGGTGACTGGGAGGCCGTGCGCGATGGCCAGCCGGTGCAATCCATCGAGCTGATGGTCGCCTACCTGTACGACCTGATCGCCCGTGGCAACCCGGTCGGGTTGTTCGGCATGGTCAACGTGCTCGAAGGCACCAGCATCGCCCTGGCCACCCAGGCGGCGGGCGTTATCCAGAACACATTGGCCCTGCCTGACCAGGCGTTCAGCTACCTCAGCTCGCACGGTGCGCTCGACCAGGAGCACATG > NC_002947/3100974‑3101270 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |