Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,479,633 | C→T | 7.1% | L543L (TTG→TTA) | PP_3090 ← | OmpA domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,479,633 | 0 | C | T | 7.1% | 162.5 / 2.4 | 58 | L543L (TTG→TTA) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/23); new base T (2/2); total (32/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
GGGCAGCGCCTCGGCCTCTACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGAGGCTTCGCCAGG > NC_002947/3479492‑3479781 | gggCAGCGCCTCGGCCTCTACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGc > 2:388743/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCCTCTACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGc < 1:531111/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGt > 2:745774/1‑150 (MQ=255) tACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCgcag > 2:351291/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGCAAGGCCGCTGACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCgcagc < 2:278495/150‑1 (MQ=255) tCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGc > 2:733475/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTc > 2:480092/1‑150 (MQ=255) cGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCt > 2:1166770/1‑150 (MQ=255) cTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCa > 2:897328/1‑150 (MQ=255) aCTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGTAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATgg > 1:237222/1‑150 (MQ=255) gCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACGTTAAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGGGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCt > 2:469117/1‑150 (MQ=255) gCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGTAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCt > 1:1013785/1‑150 (MQ=255) tCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTg < 2:1236036/99‑1 (MQ=255) tCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTg > 1:1236036/1‑99 (MQ=255) aCGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGt > 2:403333/1‑96 (MQ=255) aCGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGt < 1:403333/96‑1 (MQ=255) aCGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGcc > 1:1071351/1‑150 (MQ=255) aCGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGcc > 1:20040/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGgcgc < 1:388743/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGgcgc < 2:20040/150‑1 (MQ=255) cgcTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATg > 1:468203/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGcc < 1:897328/150‑1 (MQ=255) gTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCt < 1:57724/125‑1 (MQ=255) gTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCt > 2:57724/1‑125 (MQ=255) gTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAg < 1:351291/150‑1 (MQ=255) gACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAgggg > 1:340903/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGTAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCAc < 2:237222/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCAc > 1:855754/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCAc < 2:136198/150‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAg > 1:56497/1‑122 (MQ=255) gTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAg > 1:697996/1‑122 (MQ=255) gTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAg < 2:56497/122‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAg < 2:697996/122‑1 (MQ=255) cagcagGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCgtg < 2:1071351/150‑1 (MQ=255) cagGTACAGGGTGTGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGTAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAg < 2:16889/111‑1 (MQ=255) cagGTACAGGGTGTGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGTAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAg > 1:16889/1‑111 (MQ=255) cagGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGTAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCATGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCCCGCACTTAGCgtgggt < 2:1013785/150‑3 (MQ=255) gTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTg > 2:559428/1‑150 (MQ=255) 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gTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGTCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATgg < 1:733475/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATgg < 1:953264/150‑1 (MQ=255) gtgggCCAGATTATCGGGCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGGAACGTGGCGACGTGGACGTCGTGCAGCAGCCGCTCGACCTCATGGCCGTGGTACAGGCTCTCGCGCATGCCGAGGGGCACGCCTTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTa < 2:262894/148‑1 (MQ=255) tCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGag > 2:753630/1‑150 (MQ=255) tCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGCGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGCTAGTGag < 2:16670/150‑1 (MQ=255) aGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGagca < 1:745774/150‑1 (MQ=255) tttAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGA‑GGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGt > 2:149528/1‑150 (MQ=255) tttACCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCCGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTAGTACAGGCCCAGGCGCATGCCCAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCgg < 1:233703/150‑1 (MQ=255) gCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGa < 1:42116/150‑1 (MQ=255) tCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCATAAGCGCAAGCGGTCGAGGc > 1:91982/1‑150 (MQ=255) tCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGAGGc > 2:161775/1‑150 (MQ=255) cGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAg > 2:1219784/1‑116 (MQ=255) cGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAg < 1:1219784/116‑1 (MQ=255) ttCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGAGGCTTCGc < 1:161775/150‑1 (MQ=255) gCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGAGGCTTCGCCAgg > 1:945025/1‑150 (MQ=255) | GGGCAGCGCCTCGGCCTCTACGCTGTCAATGCCGCTCACTGGCTGCAGCTCACGGGTGTTGCGCTGGTAGACCTTGAGCGTGGTCAGCAGGTACAGGGTGCGGGTCAGATTATCGGCCGTGGGCTTTAGCATCACGTTCTGCAACGTGGCGAAGTAGCGGTCGCGCAGCAGCGGCTCGACCTCATGGCCCTGGTACAGGCCCAGGCGCATGCCGAGGGGCACGCCCTTAGCGTGGTGTTGCTCATGGTAGTGAGCAGCCCAGAAGCGCAAGCGGTCGAGGCTTCGCCAGG > NC_002947/3479492‑3479781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |