| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,578,741 | A→G | 11.7% | N18D (AAC→GAC) | PP_5589 → | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,578,741 | 0 | A | G | 11.7% | 86.7 / 3.3 | 34 | N18D (AAC→GAC) | PP_5589 | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/16); new base G (2/2); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
GCCATTGCTCCGTGTTGAAGTACAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGAAACCCTCATCTGGCTCAT > NC_002947/3578592‑3578867 | gCCATTGCTCCGTGTTGAAGTACAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCa > 1:1088012/1‑150 (MQ=255) gtTGAAGTACAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTa > 2:1121920/1‑150 (MQ=255) tGAAGTACAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACt < 1:1121920/150‑1 (MQ=255) aCAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTATGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCg < 2:256196/150‑1 (MQ=255) aaTGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGga < 2:484540/150‑1 (MQ=255) gACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTaaa > 1:777712/1‑146 (MQ=255) gACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTaaa < 2:777712/146‑1 (MQ=255) gACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTAc > 2:1282628/1‑150 (MQ=255) tctcGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGa < 2:1088012/150‑1 (MQ=255) ctcGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCg < 2:686772/127‑1 (MQ=255) ctcGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCg > 1:686772/1‑127 (MQ=255) aaCGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACa < 1:175072/150‑1 (MQ=255) tATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAg > 1:728069/1‑150 (MQ=255) gggTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGAGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCACCAGAGt > 1:1283044/1‑150 (MQ=255) gtaggtaAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCg > 2:1047683/1‑150 (MQ=255) taAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGaa > 2:466208/1‑150 (MQ=255) aaCGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGc > 1:974576/1‑150 (MQ=255) cGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTa < 1:1282628/150‑1 (MQ=255) tGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTaa < 1:1047683/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGccc < 1:1189649/123‑1 (MQ=255) tGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGccc > 2:1189649/1‑123 (MQ=255) gCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc < 1:1059794/131‑1 (MQ=255) gCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc > 2:1059794/1‑131 (MQ=255) tGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCacaga < 2:728069/150‑1 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCg > 1:885233/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGaa > 2:939459/1‑150 (MQ=255) gCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGAAAcc < 2:974576/150‑1 (MQ=255) cGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCGACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc < 2:137783/104‑1 (MQ=255) cGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCGACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc > 1:779323/1‑104 (MQ=255) cGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCGACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc > 1:137783/1‑104 (MQ=255) cGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCGACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGc < 2:779323/104‑1 (MQ=255) ttGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAAtcatca < 2:271973/120‑1 (MQ=255) ttGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAAtcatca > 1:271973/1‑120 (MQ=255) ttGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGAAACCCTCATCTGGc < 2:885233/150‑1 (MQ=255) gCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGAAACCCTCATCTGGCTCAt < 1:466208/150‑1 (MQ=255) | GCCATTGCTCCGTGTTGAAGTACAATGGTGATCATTTAGACGATCTCGTTAACGGGTATCATTTAGGGGTAGGTAAACGATTGTATCTGCCAGCTTTGATGCGCTTCGCATCGCCCGATGCCTTGAGCCCGTTTTTGAAAGGTGGTATCAACAGCTATTCTTACTGCGCCGGAGATCCTGTAAATTACTCAGACCCTACAGGGCAGGCCCCAGAGTCGCCGAAGCTAGTAAGAAAATCATCACAGACAGCCCCGTCGAAACCCTCATCTGGCTCAT > NC_002947/3578592‑3578867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |